備忘録 a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

バイオインフォマティクス

MaSuRCAのインストールエラー

Nanopore現場の会、行けなかった。 楽しそうだったので残念です。 MinIONとMiSeq・HiSeqで読んだリードをいろんなアセンブラにかけようと試しているところ。 Canuを試してみたけどMinIONのカバレージが低いので、Canuのようなロングリードベースのアセンブラ…

メモ: Nanoporeロングリードのアセンブリ

Oxford Nanopore TEchnologies(ONT)のロングリードとIlluminaなどのショートリードのデータを組み合わせてde novoアセンブリするとき、どのツールを使用するかの話。 ロングリードは長いけどエラー率高い。ショートは短いけど、エラー率低く安く大量に読め…