a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

分子生物学

最近読んだ論文のメモ: AFLPのデータ処理関連(特に閾値の決め方について)

「AFLPのスコアニング方法」 Whitlock R., Hipperson H., Mannarelli M., Butlin R.K. and Burke T., 2008, An objective, rapid and reproducible method for scoring AFLP peak‐height data that minimizes genotyping error, Mol. Ecol. Res., 8(4), 725-…

最近読んだ論文のメモ: cDNA-AFLPの注意点・類似度の算出・泳動のずれ補正

「生態リスク評価において何を守るべきか、常に問い続ける必要」 Iwasaki Y. and Clements W.H., 2015, A Continuous Need To Determine What We Should Protect In Ecological Risk Assessments, Environ. Sci. Technol., in press. 割とタイトル通りのview…

最近読んだ論文のメモ: 継代飼育による多様性損失・AFLPの統計解析・その他AFLP論文

「実験室での飼育による遺伝的多様性の損失」 Nowak C., Vogt C., Diogo J.B. and Schwenk, K., 2007, Genetic impoverishment in laboratory cultures of the test organism Chironomus riparius, Environ. Toxicol. Chem., 26(5), 1018-1022. 一般的な毒性…

最近読んだ論文のメモ: 内因性ノイズと外因性ノイズ・Niの毒性機構・AFLPにおけるヘテロ接合度の算出

「単一細胞における確率論的な遺伝子発現」 Elowitz M.B., Levine A.J., Siggia E.D. and Swain P.S., 2002, Stochastic gene expression in a single cell, Science, 297(5584), 1183-1186. 難しくてあまり理解できなかった…。内因性ノイズとかでググると、…

最近読んだ論文のメモ: Welchのt検定・個体差と環境変動・遺伝子発現と親の産地

「海洋での"閉鎖的な"ネットワーク」 Limardo A.J. and Worden A.Z., 2015,Microbiology: Exclusive networks in the sea, Nature, 522, 36-37. Natureのニュース記事。藻類と細菌の間での物質のやりとりに関する話。藻類の種は同じでも系統strainが変わると…

最近読んだ論文のメモ: UCMとPAHのbioavailability・集団内・間の遺伝子発現のばらつき

「UCMがPAHのbioavailabilityに与える影響」 Du J., Mehler W.T., Lydy M.J. and You, J., 2012, Toxicity of sediment-associated unresolved complex mixture and its impact on bioavailability of polycyclic aromatic hydrocarbons, J Hazard. Mater., …

最近読んだ論文のメモ: 遺伝的変異と遺伝子発現

「遺伝的変異と環境のばらつきが遺伝子発現に与える影響」 Scott C.P., Williams D.A. and Crawford D.L., 2009, The effect of genetic variation and environmental variation on metabolic gene expression, Mol. Ecol., 18, 2832-2843. 魚類などを使った…

最近読んだ論文のメモ: 東京湾底質の汚染・遺伝子発現の個体差

「東京湾底質のLAS・LAB汚染」 Hideshige T., Ishiwatari R. and Norio O., 1992, Distribution of linear alkylenzenes (LABs) and linear alkylbenzene sulphonates (LAS), Estuar. Coast. Shelf Sci., 35, 141-156. 前回に続き、東京湾底質の微量物質汚染…

最近読んだ論文のメモ: 東京湾底質の汚染・二枚貝のマーカー遺伝子

「東京湾底質の微量物質汚染のターゲット・スクリーニング分析」 Pan S., Kadokami K., Li X., Duong H.T. and Horiguchi T., 2014, Target and screening analysis of 940 micro-pollutants in sediments in Tokyo Bay, Japan, Chemosphere, 99, 109-116. …

最近読んだ論文のメモ: トランスクリプトームによる汚染源の推定

「転写産物のプロファイリングによる水試料の汚染源と汚染影響の同定評価」 Hasenbein M., Werner I., Deanovic L.A., Geist J., Fritsch E.B., Javidmehr A., Foe C., Fangue N.A. and Connon R.E., 2014, Transcriptomic profiling permits the identifica…

最近読んだ論文のメモ: ETCのperspectives(omicsの応用)

「omics手法は環境評価に適用できるか?」 Bencic D.C., 2015, The Challenge: Real‐world application of ‘omics endpoints, Environ. Toxicol. Chem., 34(4), 700-700. Biales A.D., Fritsch E.B. and Connon R.E., 2015, In Response: Integration of ‘om…

論文「HiCEP:高感度・網羅的な遺伝子発現解析手法」

放医研が開発したHiCEP手法(High-coverage expression profiling)。HiCEPという新しい名前を冠してはいますが、手法はほぼcDNA-AFLPそのものです。 Fukumura R., Takahashi H., Saito T., Tsutsumi Y., Fujimori A., Sato S., Tatsumi K., Araki R. and Ab…

論文「オオミジンコの遺伝子発現を用いた3つの異なるストレス要因のプロファイリング」

生物の遺伝子発現と環境要因の関係について。 「こういう環境要因(例:化学物質曝露とか温度などの物理的要因)によって〇〇遺伝子の発現が変動する」という遺伝子発現のプロファイリングをおこなった既存研究は数多くあります(参考:こちら・こちら)。 …

論文「ニトロフラゾン曝露に対する繊毛虫カタラーゼの用量応答反応:酵素活性とmRNA発現」

最近読んだ論文は、マーカー遺伝子の発現変動と有害物質の曝露濃度との関係を直線で近似していました。曝露濃度が最大でもLC50の1/10なので線形モデルで上手くフィットしたのでしょうが、それってどうなんだろうと思って下の論文を読んでみました。 Li J., …

論文「異なる曝露時間で自然・化学ストレスを与えたヒメミミズの遺伝子発現解析」

ヒメミミズEnchytraeus albidus を使って2,4,21日間曝露試験を行い、生存個体の遺伝子発現をマイクロアレイによって解析した論文。 曝露物質は銅とフェンメデファン(除草剤)で、土壌にスパイク。また土壌の粒径やpHが異なる曝露系も実施。21日というのは、…

論文「混合物と地下水がオオミジンコの転写産物に与える影響の評価」

環境中にある有害物質が1つの物質単独で存在することは非常にレアなケースです。多くは、複数の有害物質が同時に存在しています。 そのように複数の有害物質が混在する際の毒性影響は、物質が単一で存在する場合の毒性影響と異なるのでしょうか。例えば単一…

論文「転写産物の次世代シーケンス:非モデル動物におけるRNA単離ガイド」

前回に続きRNA固定・抽出のTips論文。 次世代シーケンサーの発展により、ショウジョウバエやマウスのようなモデル生物以外の生物種でもRNA抽出をおこなうことが増えました。 モデル生物で確立されたRNA抽出法・前処理法を、他の生物にそのまま適用しても上手…

論文「水生甲殻類RNAの簡易迅速な固定法」

RNA固定のTips論文。 Heckmann L-H et al., 2007, A simple method and rapid method for preserving RNA of aquatic invertebrates for ecotoxicogenomics, Ecotoxicol., 16, 445-447. Daphniaなどの水生生物のRNA固定をおこなうとき、水を除去するのが困難…

論文「化学物質曝露の評価ツールとしてのDaphnia magnaマイクロアレイ」

遺伝子発現などの生物応答は、化学物質曝露などの環境要因によって変化します。遺伝子発現を調べることで曝露化学物質の同定、キャラクタライズをおこなう試みがあります(→参考:mTIE)。下記の論文も、それに近い趣旨ですね。 Watanabe H., Takahashi E., …

論文「キャピラリー泳動によるAFLPマーカー取得法の改良」

蛍光標識を用いたAFLPは、従来の放射性標識とは異なる手法を取る必要がある、という論文。 Papa R., Troggio M., Ajmone-Marsan P. and Nonnis Marzano F., 2005, An improved protocol for the production AFLP™ markers in complex genomes by means of ca…

論文「蛍光AFLPを最大限活用する」

Vosら(1995)によって開発されたオリジナルのAFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism)は、放射性標識されたプライマーを使用していました。しかし蛍光色素で標識する方が、放射性標識より分析は簡易です。 ただ蛍光標識を用いたAFLPをfAFLP(floure…

論文「cDNA-AFLP・マイクロアレイ・Gene chipの定量比較: 出芽酵母の遺伝子発現データにおいて」

論文の主題である定量比較の部分は、読んでいません。cDNA-AFLPが、遺伝子発現をどれほど網羅的に解析できるのか、に関する部分のみ読んでみました*1。 Reijans M., Lascaris R., Groeneger A.O., Wittenberg A., Wesselink E., van Oeveren J., de Wit E., …

実験「RNA laterの結晶」

RNAの固定に用いるRNA later(Life technologies)中に、氷のような結晶が見られることがあります。RNA laterを-20℃で保存すると析出します。実験すると、結晶が出来たサンプルRNAの純度・収率は低下していました。ただ製品のプロトコルには、結晶が出てもRN…

論文「底生ヨコエビに対する毒性要因を定量的PCRを用いて特定する試み」

生物の周囲の環境を調べるのではなく、生物そのものの健康診断をすることで「どのような汚染が進行しているのか」を知る手法があります。例えば、生物の遺伝子発現を調べる手法です(参考:オオミジンコを用いた研究)。 下記の論文は、汽水域に生息するヨコ…

論文「ユスリカの遺伝子発現のフィンガープリンティングによる有害物質のスクリーニング」

環境汚染が単一の物質によって進行することは稀です。多くの場合、複数の有害物質による複合的な汚染が同時に進みます。そのため、生物に毒性があると判明した環境試料を化学分析してみても、どの物質が毒性要因なのかすぐには分かりません。 生物の応答を見…

実験「cDNAの精製」

cDNA-AFLPが上手くいかないことで困ってたけど*1、逆転写後に精製を行えば成功しました。精製しなきゃそりゃ駄目でしょ的なことを言われました。ただただ恥ずかしい限り。でも、ようやくスタート地点に立てて良かったです。 *1:制限酵素による消化後、アダプ…

論文「殺菌剤曝露ヨコエビにおける特異的発現遺伝子のSSHを用いたスクリーニング」

Wu, Y.H. et al., 2014, Screening differentially expressed genes in an amphipod (Hyalella azteca) exposed to fungicide vinclozolin by suppression subtractive hybridization, J. Environ. Sci. Health, Part B, 49 (11), 856-863. SSH(Suppression…

実験「cDNA-AFLP・アイソシゾマー」

cDNA-AFLPにトライ中。 全くバンド・ピークが見られなかった。逆転写までは上手くいっているので(アガロースゲル泳動で確認)、何が問題なんだろう、と実験手順を見直しました。 本来はMseIを制限酵素に使う実験で、MseIのアイソシゾマー(同じ認識配列を持…

【論文】生態毒性:分子生物学的手法によるオオミジンコに対する毒性要因の特定

The molecular toxicity identification evaluation (mTIE) approach predicts chemical exposure in Daphnia magna 「オオミジンコの毒性要因を分子生物学的手法を用いて特定する試み(mTIE)」 P. Antczak, H.J.Jo, S. Woo, L. D. Scanlan, H. C. Poynton,…