a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

分子生物学

論文「cDNA-AFLP・マイクロアレイ・Gene chipの定量比較: 出芽酵母の遺伝子発現データにおいて」

論文の主題である定量比較の部分は、読んでいません。cDNA-AFLPが、遺伝子発現をどれほど網羅的に解析できるのか、に関する部分のみ読んでみました*1。 Reijans M., Lascaris R., Groeneger A.O., Wittenberg A., Wesselink E., van Oeveren J., de Wit E., …

実験「RNA laterの結晶」

RNAの固定に用いるRNA later(Life technologies)中に、氷のような結晶が見られることがあります。RNA laterを-20℃で保存すると析出します。実験すると、結晶が出来たサンプルRNAの純度・収率は低下していました。ただ製品のプロトコルには、結晶が出てもRN…

論文「底生ヨコエビに対する毒性要因を定量的PCRを用いて特定する試み」

生物の周囲の環境を調べるのではなく、生物そのものの健康診断をすることで「どのような汚染が進行しているのか」を知る手法があります。例えば、生物の遺伝子発現を調べる手法です(参考:オオミジンコを用いた研究)。 下記の論文は、汽水域に生息するヨコ…

論文「ユスリカの遺伝子発現のフィンガープリンティングによる有害物質のスクリーニング」

環境汚染が単一の物質によって進行することは稀です。多くの場合、複数の有害物質による複合的な汚染が同時に進みます。そのため、生物に毒性があると判明した環境試料を化学分析してみても、どの物質が毒性要因なのかすぐには分かりません。 生物の応答を見…

実験「cDNAの精製」

cDNA-AFLPが上手くいかないことで困ってたけど*1、逆転写後に精製を行えば成功しました。精製しなきゃそりゃ駄目でしょ的なことを言われました。ただただ恥ずかしい限り。でも、ようやくスタート地点に立てて良かったです。 *1:制限酵素による消化後、アダプ…

論文「殺菌剤曝露ヨコエビにおける特異的発現遺伝子のSSHを用いたスクリーニング」

Wu, Y.H. et al., 2014, Screening differentially expressed genes in an amphipod (Hyalella azteca) exposed to fungicide vinclozolin by suppression subtractive hybridization, J. Environ. Sci. Health, Part B, 49 (11), 856-863. SSH(Suppression…

実験「cDNA-AFLP・アイソシゾマー」

cDNA-AFLPにトライ中。 全くバンド・ピークが見られなかった。逆転写までは上手くいっているので(アガロースゲル泳動で確認)、何が問題なんだろう、と実験手順を見直しました。 本来はMseIを制限酵素に使う実験で、MseIのアイソシゾマー(同じ認識配列を持…

【論文】生態毒性:分子生物学的手法によるオオミジンコに対する毒性要因の特定

The molecular toxicity identification evaluation (mTIE) approach predicts chemical exposure in Daphnia magna 「オオミジンコの毒性要因を分子生物学的手法を用いて特定する試み(mTIE)」 P. Antczak, H.J.Jo, S. Woo, L. D. Scanlan, H. C. Poynton,…