a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

実験

リアルタイムPCRで発現量比の差を解析する統計的手法

リアルタイムPCRで発現解析時の統計手法 遺伝子Aの発現量が条件αと条件βで変わらないかどうか、リアルタイムPCRで調べたい。そんなときの話です。 複数のハウスキーピング遺伝子のCt値(あるいはCp値)と遺伝子AのCt値との差(=ΔCt)を条件α・βごとに求めて…

論文のメモ: RINは 全ての生物種のRNA分解指標にはできない

動物組織から抽出したRNAの分解度合は、電気泳動によって評価するのが普通です。ヒトなどの場合は、バイオアナライザーという装置で泳動して RIN (RNA Integrity Number; Schroeder et al., 2006) なる指標で分解度を評価します。RINの考え方は、RNAの中で大…

実験「RNA laterの結晶」

RNAの固定に用いるRNA later(Life technologies)中に、氷のような結晶が見られることがあります。RNA laterを-20℃で保存すると析出します。実験すると、結晶が出来たサンプルRNAの純度・収率は低下していました。ただ製品のプロトコルには、結晶が出てもRN…

実験「cDNAの精製」

cDNA-AFLPが上手くいかないことで困ってたけど*1、逆転写後に精製を行えば成功しました。精製しなきゃそりゃ駄目でしょ的なことを言われました。ただただ恥ずかしい限り。でも、ようやくスタート地点に立てて良かったです。 *1:制限酵素による消化後、アダプ…

論文「東日本大震災での組織への信頼」・実験「AFLP」

中谷内一也,工藤大介,尾崎拓, 2014, 東日本大震災のリスクに深く関連した組織への信頼, 心理学研究, Vol. 85, No. 2, p. 139-147. 先日読んだ「安全。でも、安心できない…」の著者の論文。東日本大震災に関する 日本語論文があったので、ざっと読んでみまし…

実験「cDNA-AFLP・アイソシゾマー」

cDNA-AFLPにトライ中。 全くバンド・ピークが見られなかった。逆転写までは上手くいっているので(アガロースゲル泳動で確認)、何が問題なんだろう、と実験手順を見直しました。 本来はMseIを制限酵素に使う実験で、MseIのアイソシゾマー(同じ認識配列を持…