読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

生物サンプルの送付依頼

1月ほど前、某国の研究者から遺伝子解析したいので生物サンプル送ってくれないか、という問い合わせメールが来ました。 良いよ~、でもCOI領域なら既に300 bpくらい既に読んであるので配列データ送るね、と返信したところ、1月ほど音沙汰なし。 自分とは異な…

H先生の最終講義

先日H先生の最終講義があって、見てきました。先生の半生記とか、学科の歴史とか、研究に対する哲学とかが聞けるかと思いきや、本当にふつうの講義みたいなのをしていました…。いちおう近年の研究の象徴的な話だったようですが、ちょっと残念でした。まあ、H…

去年の振り返りと2017年にやりたいこと

去年の始めに2016年の目標を書きました(去年の振り返りと 2016年にやりたいこと)。それが実際、どれだけ達成されたのかチェックしてみました。 目標1:博士課程修了 結果1:◎。7月末に論文審査。9月に無事終了。 目標2:論文2本。自分の本筋の研究と、T君…

DDBJ pipelineの高次解析

前回の続き。blastxに時間かかり過ぎのため、現在linux PCを他の用途に使えません。 「次世代シークエンス解析スタンダード」(羊土社)という本を読んでたら、遺伝研のスパコンを使って解析できる、という話が。「うちのlinuxと遺伝研のスパコンとの2台使い…

blast+の計算時間

12/6(火)からlinuxのコマンドライン上でlocal blastxをおこなってますが、まだ終わらない…。こんな感じのコマンドを入力してから、もうじき7日経ちます。 blastx -query Trinity.fasta -db nr -max_target_seqs 2 -outfmt 5 -evalue 1e-05 -num_threads 6 -o…

SETAC NA @Orlando

SETAC Nort AmericaのAnnual Meetingに参加してきました。大統領選中に開催されるというタイミング。思っていたより、混乱している感じは受けませんでした。自分の観測範囲が狭かったからでしょうか。トランプが大統領になると、環境系の研究費が削られると…

科研費書いてる

今月から学振PDに肩書が変わり、科研費の申請資格をゲットしました。 あと残りの1年半は学振PDのお金が使えますが、その後のこと考えると科研費を取っておいて損はないので、申請することに。 昔は、PDには科研費の申請資格はなかったみたいですが、平成26年…

環境毒性学会 @ 愛媛大

今年も参加しました。あれぐらいの規模の学会が一番楽しいかも。教室1つに参加者全員が収まるくらいの規模。口頭・ポスター併せて発表数50くらい? 自身のポスター発表ではフルボッコにされたけど、間違いを発見できて良かった。 ネオニコの発表多め。 企画…

博士論文の審査会

7月末に終わりました。 夕方5時から、45分の口頭発表と45分の質疑応答。それから主査と副査で非公開の審議によって、合否の判定。審議はおよそ15分ほど。 審議の後、「合格です」とかそういった類の言葉を聞けるかと思って主査の先生のもとへ行ったら、博士…

Rejectされたー

W誌に出していた論文。Rejectでした。 コメントから察するに、1人の査読者はおそらくreject判断で、もう1人はmajor revision。rejectにした査読者は、そもそも論文の要件を満たせてないと思ってる様子。今回の論文は「~が原因とは言えない」というのが結論…

予備審査

博士論文の予備審査、無事に終わりました。本審査に進めるということで一安心。 ど直球の質問が出た時に、詰まって大分沈黙してしまいました。研究の意義に関する質問だったので、はっきり答えられないとダメなんですが…。 審査後に指導教員から「潔すぎる」…

副査の先生に博論ドラフト提出

GW明けに博士論文の予備審査。今週、副査の先生方に論文ドラフトを渡しました。 副査は四人。うち三人が同じ学科で、一人は外部機関所属(つくばの某研究所)。 渡すためだけにつくばまで行くのは面倒だなと思ってましたが、直接会って良かったかも。色んな…

正月は家族みんなでゾンビ観た

正月実家に帰省したら、Amazon プライムに加入してて、(リストにある)映画や海外ドラマが見放題でした。なぜか、ゾンビ出まくりのアメリカドラマ「ウォーキングデッド」を観ることに。家族皆で1/1と1/2はぶっ続けで観て、1シーズン分+4話くらい堪能しまし…

去年の振り返りと 2016年にやりたいこと

あけましておめでとうございます。 2015年は充実してました。何より、研究が楽しかったです。 本筋の研究は4月頃にようやく手法が確立し、秋頃にはそれなりの結果が出始めました。 第一著者の論文が受理されたのが5月(論文がアクセプトされた - a record of…

リスク学

先日学部2年生の講義で、Mさんが講演に来てたので聞きに行きました。「リスク学」というタイトルで2時間ほどの講演でした。 広い視野の話から具体的な話まであって面白かったのですが、学部生は8割ぐらい寝てましたね。自分が学部生だった時を思うと仕方ない…

学振DC2採用された

学振DC2採用されました!運よく面接免除で。Tスコアは3.4台なので、ぎりぎりだったみたいです。 業績は、論文0・国際学会3・国内学会5なので、かなりしょぼい方だと思います。(てか学会行き過ぎ?)ただ査読中の1st論文があり*1、それを「現在までの研究状…

日記: シルバーウィーク @鎌倉・ 映画「セッション」

9月のシルバーウィークは、結婚式に出席して、鎌倉に行ったのみ。鎌倉では報告寺で抹茶。やっぱり人混みがすごかった。 映画「セッション」(原題: Whiplash)を観ました。 後味の良くない作品でした。鬼教官のフレッチャーの演技には引き込まれますし、音楽…

環境毒性学会@東洋大

発表してきました。楽しかったです。修士の時にも参加しておけば良かった。好きな論文の著者を実際に見られるだけで、割とテンション上がりました。 底質毒性が幾度か話題にあがってました。しかしやらなきゃいけないね、みたいな話が中心で科学的な検討はま…

那須高原でアルパカを見たりカピバラと触れ合ったり

夏休みの旅行で、週末は那須高原へ行ってきました。那須は涼しかったです。朝方は布団をかぶらないと寒いぐらい。 那須動物王国。アルパカ・カピバラともに貴重な放尿シーンを見ることができました(写真参照)。馬に乗るコーナーもあって乗りたかったけど、…

水曜日のカンパネラって良いね

最近はまってます。始め観た時はすごいサブカル臭がして嫌だったんですが、はまりました。なんか悔しい。 素人感満載のラップがナンセンスな歌詞とマッチしてますね。「新茶摘まないつまらない奴に!」とかつい言ってみたくなる。「ナポレオン」みたいなメロ…

論文がアクセプトされた

3月にmajor revisionをくらって、4月に再投稿した論文。5月の末にアクセプトされました。やったね!かなりIFの低い雑誌だけど、嬉しいです。 しかし査読者がすごい丁寧というか、教育的というか、ありがたいというか、うるさいというか。再査読の後にも変更…

GWは芝桜を見に行った

今年のゴールデンウィークは、3日にラ・フォル・ジュルネに行きました。5日は秩父の羊山公園に芝桜を見に行きました。 温泉に入ろうかと話していたけど、歩いて行ける場所に無かったので羊山公園からそのまま帰ってしまいました。西武秩父駅じゃなくて、横瀬…

つぶやき

学振を書いて、意識高い系になってます。 てことで、基礎的な自習(専門に直接関係ない分野の学習)の時間を復活させよう。半年くらい前までは、分子生物学や水質化学の教科書を読んでたのですが…。この記事とかこの記事のあたり。 下のツイートを見て、また…

実験室の維持管理コストが高い

愚痴。 うちの学科の学生は、ざっくり分けて実験系と解析系に分かれてます。実験系は実験室でピペットやらを使ってデータをとる人たちで、解析系はアンケート調査などでデータをとるか、既存のデータなどを使ってガリガリ計算をしている人たち。 ここ数年は…

八景島シーパラダイスに行ってきた

週末は八景島シーパラダイスに行ってきました。予想以上に盛りだくさんでした。遊園地ですね、あそこは。 いちばん面白かったのは「スーパー イワシ イリュージョン」(写真は撮ってないけど)。5万匹のイワシがアナウンスと同時に一斉に暴れまわる。同じ水…

査読が返ってきた:major revision

以前ある雑誌に出してrejectをくらった論文。その後も別の雑誌からrejectをくらって、今年1月の下旬にIFの低い雑誌へ投稿してました。その査読結果が昨日帰ってきました。「major revision」でした。 査読意見を読むと、表現や構成を修正すればどうにかなり…

研究がうまくいってないときは気楽に考える

前もこのブログで書きましたが、本筋の研究がうまくいっていません。今は既存の手法を自分の対象に適用しているのですが、一つ一つの段階にミスやらエラーが見つかり、半年近くも足踏みしています。 自分の気持ちを整理するために書いてみる。 ●副業は本質的…

山梨旅行:トンボ玉作り・温泉・富士急ハイランド

週末は河口湖へ旅行へ行ってきました。 12時頃に河口湖駅について、駅前のほうとう不動へ。鍋ごと出てきてお腹いっぱいに。河口湖のまわりをお散歩して、駅からタクシーで「ガラス工房自在」へ。 ガラス工房ではトンボ玉作りを体験しました。緊張したけど楽…

日記「ソムタム作った」

大学で、タイからの留学生達がソムタムを作ってました。あるタイ人のお誕生日パーティーでした。鷹の爪がばんばん投げ込まれていくので、衝撃的な辛さでした。 うすのようなものに野菜、パパイヤ、鷹の爪、ニンニク、レモン汁などを入れて混ぜ混ぜします*1そ…

日記「正月の六甲登山」

1/2 (金) の夜から1/3 (土) の朝にかけて、雪の六甲山に登ってきました。夜中の登山です。 終電で宝塚駅に集合し、深夜の2時近くに甲子園大学のそばを通って山に入りました。 この日は10年に1度レベルの寒波ということで、宝塚駅のあたりからすでに雪が積も…

日記「自動車免許更新と住所変更」

自動車免許の更新に行ってきました。 自分は東京に5年以上住んでいますが、住民票は実家のままです。そのため、実家の更新センターの代わりに東京の更新センターで手続きできる「経由地更新」をしようかと思ってました。しかし実は、免許に登録されている住…

登美の丘ワイナリーに行ってきた

学会発表のため、山梨大学@甲府に行ってきました。 せっかくなのでと、空いた時間でサントリーの登美の丘ワイナリーへ行ってきました。竜王駅からタクシーで。 事前に予約していた、無料のワイナリーガイドツアーに参加しました。 ブドウ畑と樽熟庫を見学し…

日記「箱根温泉・大涌谷」

先週末は、箱根温泉に行ってきました。 旅館は金乃竹塔ノ澤というところで、各部屋に露天風呂がついてました。蛇口から出るお湯で温めないと寒かったですが、気持ちよかったです。ごはんもおいしかったです。ボリュームがかなりありましたが…。 旅館を出て大…

日記「隅田川公園でバドミントンした」

20分もしたら、疲れました。でも結構楽しい。これからも週末ぐらいは運動していきたい。

日記「とあるシンポジウムに行ってきた」

文京区内にある大学で開催のシンポジウムに行ってきました。文科省の支援事業によって新たな研究センターが新設され、その記念のシンポジウムでした。 G先生の話は2回目で、聞いたことのある話もあったけど、面白かった。さすが色々なところで話しなれている…

ドイツフェスティバル@青山公園

昨日、青山公園でやっていたドイツフェスティバルに行ってきました。ビールを飲んだくらいですが。やっぱり黒ビールが好きです。 11時開始なのに、11時半ごろにはもう人がいっぱいいました。ただ夏に代々木公園であったタイフェスティバルの方が、もっと人が…

論文がrejectされたよ

あるジャーナルに投稿した論文がリジェクトされました。7月5日に投稿して、10月28日にリジェクトの通知が来ました*1。 時間かかった上にリジェクトってのは、辛いですね。自分の先輩も同じジャーナルに投稿していて、major revisionをくらって再投稿したら、…

お散歩@神田川沿い

西新宿五丁目から明大前まで、神田川沿いをお散歩した。涼しくて良い天気でした。カモがいっぱいいました。おわり。

ジャズバー@御茶ノ水

御茶ノ水にあるジャズバーに行ってきました。 オルガンのトリオでした。19:30から1時間演奏×3回。2セット目の終わりで帰った。結構楽しかったです。ドラムが複雑すぎるアップテンポの曲とかはちょっと乗り切れなかったけど。パスタもおいしかった。

引っ越し

ルームメイトの引っ越し。 結構大変。自分ももう少しで引っ越すので、今の内から準備を始めておいた方がいいと思った。

学会発表 @京都 ・化学物質のリスク管理

京都大学で開催されたとある学会で発表してきました。 一つの教室に参加者全員が入るぐらいの、発表数が40程度の小さい学会でした。規模が大きくない分、いろいろな人と話せて良かったです。交流の場という、学会本来の良さを堪能できました。 懇親会の様子 …

横浜お散歩・音楽「珍遊記」

ブログのタイトル変更した。 土曜日は横浜をお散歩しました。昼過ぎに中華街に行って、ぶらぶらしました。焼き小龍包が熱すぎて、じっとして食べられませんでした。しかも案の定、汁が服にかかりました。でも美味しかったです。味は餃子みたいでした。 中華…

スパラクーア・雑記「学ぶことを今すぐやめよう」

昨日、後楽園のスパ・ラクーアに行ってきました。普段湯船につからないから、たまに温泉に入るとすごく気持ち良いです。 平日の昼間というのに、人が大勢いて驚きました。ヒーリングバーデという、追加料金を払って低温サウナなどを楽しめる場所は、夕方には…

2014.08.09(土)-11(月) 京都旅行

週末+月曜で京都の天橋立に行ってきました。新幹線と電車を乗り継いで。 ちょうど台風11号が来たところで、京都から先の電車が遅れに遅れてしまい、夕方にはつく予定が夜の11時ごろになってやっと着く羽目に・・・。 日曜日も台風が直撃していてずっと屋内…

2014.08.08(金) 東京湾納涼船

東京湾の納涼船に乗ってきました。 納涼船という言葉の響きから、こじんまりとした屋形船みたいなのを想像してましたが、5つぐらいフロアがある大型船でした。 「納涼船」とグーグルで検索したら関連ワードの一つ目に「ナンパ」と出てくるぐらいで、周囲には…