備忘録 a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

生態毒性

論文のメモ: ヨコエビの慢性試験用の人工淡水

「人工淡水におけるヨコエビの活動に及ぼす臭素の影響」 Ivey C.D. and Ingersoll C.G., 2016, Influence of bromide on the performance of the amphipod Hyalella azteca in reconstituted waters, Environ Toxicol Chem, accepted. ヨコエビの飼育・慢性…

最近読んだ論文のメモ: ネオニコチノイドによる遅発毒性について

前回の記事のネオニコチノイドの曝露時間と影響との関係を書いていて、昔、ネオニコのような神経系の毒は遅発性だと読んだのを思い出しました(この記事とか)。 ネオニコの遅発毒性 delayed toxicity に関する文献を、さらに探ってみました。 「イミダクロ…

最近読んだ論文のメモ: ニコチンの生態毒性 その4 ~ネオニコの作用機序との比較~

ニコチン毒性の作用機序は、農薬のネオニコ関連でたくさん研究されているようす。 Yamamoto I., Yabuta G., Tomizawa M., Saito T. Miyamoto T. and Kagabe T., 1995, Molecular mechanism for selective toxicity of nicotinoids and neonicotinoids, J. Pe…

最近読んだ論文のメモ: パルス曝露の影響

定常的な曝露ではなくて、短期間の曝露の影響についてどんな研究がなされているのかちょっとだけ調べてみました。農薬の研究が結構多いみたいです。 「短期間の殺虫剤曝露がヨコエビの生存と繁殖能に与える影響」 Cold A. and Forbes, V.E., 2004, Consequen…

最近読んだ論文のメモ: タバコの吸い殻やニコチンによる生態毒性 その3 ~ニコチンのfate~

これまで、タバコの吸い殻による生態毒性に関していくつか文献を読んできました。タバコ浸出液にTIEを適用してニコチンが主な毒性要因らしいとした論文や、タバコ吸い殻からのニコチン浸出量を測定した論文など。 最近読んだ論文のメモ: タバコの吸い殻やニ…

最近読んだ論文のメモ: SVMによる遺伝子の分類 -影響の大きさ予測-

「影響レベルを分類するエンドポイントとしての転写産物の解析」 de Boer T.E., Janssens T.K., Legler J., van Straalen N.M. and Roelofs D., 2015, Combined transcriptomics analysis for classification of adverse effects as a potential endpoint in…

最近読んだ論文のメモ: タバコ吸い殻による生態毒性 その2

この前に続き、タバコ吸い殻の浸出液の生態毒性。 「タバコ吸い殻浸出液のTIE」 Micevska T., Warne M.S.J., Pablo F. and Patra R., 2006, Variation in, and causes of, toxicity of cigarette butts to a cladoceran and microtox, Arch. Environ. Contam…

最近読んだ論文のメモ: 底質の性状と重金属の繁殖阻害毒性

「底質の特性と摂食曝露によって説明される銅の非致死毒性」 Campana O., Simpson S.L., Spadaro D.A. and Blasco J., 2012, Sub-lethal effects of copper to benthic invertebrates explained by sediment properties and dietary exposure, Environ. Sci.…

最近読んだ論文のメモ: タバコの吸い殻やニコチンによる生態毒性

ついこの前、アセチルコリンエステラーゼ阻害を持つ農薬 (カーバメイト系・有機リン系) の毒性が塩分増加に伴って増大することを示す論文をいくつか読んでました。もしかしたらニコチンも同様の作用を示すのではと思い、また論文探し。 「魚類に対するタバコ…

最近読んだ論文のメモ: 除草剤・殺虫剤の毒性と塩分

もしかしたらと思い付きで、高速道路などにおける除草剤の使用について調べてます。今は道路などで除草剤の散布はほとんどされてないだろうとは思いつつ。 あまり情報が見当たらなかったのですが、平成元年の国会質問で高速道路での除草剤使用について触れら…

最近読んだ論文のメモ: 底質のTIE (底質抽出画分をスパイクする場合)

「底質と底質抽出物の毒性評価」 Wiklund A.K.E. and Broman B.S.D., 2005, Toxicity evaluation by using intact sediments and sediment extracts, Mar. Pollut. Bull., 50(6), 660-667. パルプ工場付近の底質の毒性を、ヨコエビMonoporeia affinisによっ…

最近読んだ論文のメモ: 内的増加率rと絶滅確率

「ワムシ個体群の絶滅確率:内的増加率rとの比較」 Snell T.W. and Serra M., 2000, Using probability of extinction to evaluate the ecological significance of toxicant effects, Environ. Toxicol. Chem., 19(9), 2357-2363. 2013年度に卒業したT君の…

最近読んだ論文のメモ: transcriptome実験の再現性・河川水に曝露した巻貝のcDNA-AFLP

「Ecotoxicogenomicsにおけるマイクロアレイ実験の再現性:lab間比較」 Vidal-Dorsch D.E., Bay S.M., Moore S., Layton B., Mehinto A.C., Vulpe C.D., Brown-Augustine M., Loguinov A., Poynton H., Garcia-Reyero N., Perkins E.J., Escalon L., Denslow…

最近読んだ論文のメモ: 汚染と遺伝的多様性・野外集団とlab集団の感受性の違い

汚染と遺伝的多様性、汚染と適応adaptation(遺伝的な変化)あるいは順応acclimation(非遺伝的で可逆的な変化)について。 「北極海ヨコエビ集団の遺伝的多様性とレジリエンスに関連した局所的な汚染」 Bach L., and Dahllöf I., 2012, Local contamination…

最近読んだ論文のメモ: omicsデータの用量応答モデル

「omicsデータの用量応答モデル」 Smetanová S., Riedl J., Zitzkat D., Altenburger R. and Busch W., 2015, High throughput concentration‐response analysis for omics datasets, Environ. Toxicol. Chem., 34 (9), 2167-2180. 個体レベルではS字型の曲…

最近読んだ論文のメモ: 遺伝子発現レベルでのSSD・類似度検定PERMANOVA

「遺伝子発現レベルでの種感受性分布 SSD」 Yan Z., Yang N., Wang X., Wang W., Meng S. and Liu Z., 2012, Preliminary analysis of species sensitivity distribution based on gene expression effect, Sci. China Earth Sci., 55(6), 907-913. Cd, Cu, …

環境毒性学会@東洋大

発表してきました。楽しかったです。修士の時にも参加しておけば良かった。好きな論文の著者を実際に見られるだけで、割とテンション上がりました。 底質毒性が幾度か話題にあがってました。しかしやらなきゃいけないね、みたいな話が中心で科学的な検討はま…

最近読んだ論文のメモ: bioavailability考慮したTIE・底質関連の細菌群集・在来種を用いた毒性試験

「中国南部の都市河川底質におけるTIE: bioavailability考慮」 Yi X., Li H., Ma P. and You J., 2015, Identifying the causes of sediment‐associated toxicity in urban waterways in South China: Incorporating bioavailabillity‐based measearuments i…

最近読んだ論文のメモ: cDNA-AFLPのばらつき・omicsデータのばらつき

「cDNA-AFLPのばらつきの原因」 Weiberg A. and Karlovsky P., 2009, Components of variance in transcriptomics based on electrophoretic separation of cDNA fragments (cDNA‐AFLP), Electrophoresis, 30(14), 2549-2557. cDNA-AFLPのデータのばらつきは…

WET2015@日本大に行ってきた

水環境学会の英語版 WET (Water and Environment Technology Conference) に参加してきました。御茶ノ水の日本大学で昨日8/5から今日8/6開催でした。 ありがたいことにポスター賞頂きました。嬉しい反面、特に手ごたえがあったわけでもなく、学会の賞ってこ…

最近読んだ論文のメモ: 遺伝的多様性へのフィードフォワード・汚染への適応・低酸素曝露に対する遺伝子発現

「遺伝的多様性への正のフィードフォワードループ」 Lynch M, 2015, Genetics: Feedforward loop for diversity, Nature, 523, 414-415. ニュース記事。原著(Yang S et al., 2015, Nature)はチラ見のみ。 ヘテロ接合度が高いと突然変異率(mutation rate)…

最近読んだ論文のメモ: 複合毒性のGLMM解析・p値の誤解

「omicsの問題点」 Livingstone S.G., Smith M.J., Silva D.S. and Upshur R.E., 2015, Much ado about omics: welcome to ‘the permutome’, J. Evaluation Clinical Practice, in press. タイトルのpopさにつられて読んだけど、中身はなさそうです。transcr…

最近読んだ論文のメモ: cDNA-AFLPの注意点・類似度の算出・泳動のずれ補正

「生態リスク評価において何を守るべきか、常に問い続ける必要」 Iwasaki Y. and Clements W.H., 2015, A Continuous Need To Determine What We Should Protect In Ecological Risk Assessments, Environ. Sci. Technol., in press. 割とタイトル通りのview…

最近読んだ論文のメモ: 継代飼育による多様性損失・AFLPの統計解析・その他AFLP論文

「実験室での飼育による遺伝的多様性の損失」 Nowak C., Vogt C., Diogo J.B. and Schwenk, K., 2007, Genetic impoverishment in laboratory cultures of the test organism Chironomus riparius, Environ. Toxicol. Chem., 26(5), 1018-1022. 一般的な毒性…

最近読んだ論文のメモ: 内因性ノイズと外因性ノイズ・Niの毒性機構・AFLPにおけるヘテロ接合度の算出

「単一細胞における確率論的な遺伝子発現」 Elowitz M.B., Levine A.J., Siggia E.D. and Swain P.S., 2002, Stochastic gene expression in a single cell, Science, 297(5584), 1183-1186. 難しくてあまり理解できなかった…。内因性ノイズとかでググると、…

最近読んだ論文のメモ: 沿岸域での炭素吸収・UとCdの複合影響・底質の沈降

「海洋生物地球化学:沿岸域の炭素」 Gruber N., 2015, Ocean biogeochemistry: Carbon at the coastal interface, Nature, 517, 148-149. ニュース記事。元になっているのはLaruelleら(2014)の論文。 沿岸域は大気中CO2の大きな吸収源になっているとの報告…

最近読んだ論文のメモ: Welchのt検定・個体差と環境変動・遺伝子発現と親の産地

「海洋での"閉鎖的な"ネットワーク」 Limardo A.J. and Worden A.Z., 2015,Microbiology: Exclusive networks in the sea, Nature, 522, 36-37. Natureのニュース記事。藻類と細菌の間での物質のやりとりに関する話。藻類の種は同じでも系統strainが変わると…

最近読んだ論文のメモ: UCMとPAHのbioavailability・集団内・間の遺伝子発現のばらつき

「UCMがPAHのbioavailabilityに与える影響」 Du J., Mehler W.T., Lydy M.J. and You, J., 2012, Toxicity of sediment-associated unresolved complex mixture and its impact on bioavailability of polycyclic aromatic hydrocarbons, J Hazard. Mater., …

最近読んだ論文のメモ: ブラジルと中国の底質汚染・多変量解析による汚染底質の分類

「ブラジルにおける下水流出が底質汚染に及ぼす影響」 Abessa D.M., Carr R.S., Rachid B.R., Sousa E.C., Hortelani M.A. and Sarkis J.E., 2005, Influence of a Brazilian sewage outfall on the toxicity and contamination of adjacent sediments, Mar.…

最近読んだ論文のメモ: 東京湾底質の汚染・遺伝子発現の個体差

「東京湾底質のLAS・LAB汚染」 Hideshige T., Ishiwatari R. and Norio O., 1992, Distribution of linear alkylenzenes (LABs) and linear alkylbenzene sulphonates (LAS), Estuar. Coast. Shelf Sci., 35, 141-156. 前回に続き、東京湾底質の微量物質汚染…