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a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

生態系

論文のメモ: NGSでミトコンドリアDNAの全長解析

D2のWさん関係で、環境DNAに最近興味あり。 「古腹足類のミトコンドリアゲノム全長配列」 Williams S.T., Foster P.G., and Littlewood D.T.J., 2014, The complete mitochondrial genome of a turbinid vetigastropod from MiSeq Illumina sequencing of ge…

論文のメモ: 環境DNAを用いた遺伝的多様性の解析

「環境DNAから推察されるジンベエザメ集団の特性」 Sigsgaard E.E., Nielsen I.B., Bach S.S., Lorenzen E.D., Robinson D.P., Knudsen S.W., Pedersen M.W., Jaidah M.A., Orlando L., Willerslev E., Møller P.R., and Thomsen P.F., 2016, Population cha…

論文のメモ: 甲殻類と細菌の関係

気晴らしで読んでみた論文。自分自身の研究との関連は特にないです。 「海産ヨコエビの新しい体表面共生細菌」 Gillan D.C. and Dubilier N., 2004, Novel epibiotic Thiothrix bacterium on a marine amphipod, Applied Environ. Microbiol., 70 (6), 3772-…

論文のメモ: ヨコエビの慢性試験用の人工淡水

「人工淡水におけるヨコエビの活動に及ぼす臭素の影響」 Ivey C.D. and Ingersoll C.G., 2016, Influence of bromide on the performance of the amphipod Hyalella azteca in reconstituted waters, Environ Toxicol Chem, accepted. ヨコエビの飼育・慢性…

最近読んだ論文のメモ: 仮説検定の報告の仕方・nMDSデータの示し方

日野明徳, 2015, 環境影響評価における海と陸の同床異夢, 日本水産学会誌, 81(2), 205-205. 「代表生物種」を決めて環境評価をおこなうプロセスは妥当なのか、という問題提起。耳の痛い話です。 静的な現象のみ対象にしていれば、代表種を決めるのもおかしな…

本「海と湖の貧栄養化問題」

浦瀬先生のHPで紹介されていた本*1。早速読んで正解。妄想の広がる良書でした。 山本民次, 花里孝幸, 2015, 海と湖の貧栄養化問題, 地人書館. 水環境での過剰な栄養塩によって植物プランクトンが異常増殖し、アオコや赤潮が発生する、富栄養化。そのピークは…

最近読んだ論文のメモ: 環境要因と群集構造の比較法 (CCA, RDAなど)

前回に引き続き、類似度データ解析法の勉強中。 しかしいろんな多変量解析手法がありすぎて、ちょっとパンクしそうです。たくさんの手法をざざっと見る段階は終えて、そろそろ一つ・二つの手法を深く理解しなければ…。 下の総説3つを読んで、基礎理解。 長谷…

最近読んだ論文のメモ: 類似度のグループ間比較法について (perMANOVA, ANOSIMなど)

前回に引き続き、類似度のデータ解析方法を勉強中。特に生態学分野での、群集間における種構成の比較法。どれもあまり真面目には読んでません。 色々読んでると、類似度を算出するためのデータ前処理法が結構バラバラです。log変換、2乗根変換など。 「ヤナ…

最近読んだ論文のメモ: bioavailability考慮したTIE・底質関連の細菌群集・在来種を用いた毒性試験

「中国南部の都市河川底質におけるTIE: bioavailability考慮」 Yi X., Li H., Ma P. and You J., 2015, Identifying the causes of sediment‐associated toxicity in urban waterways in South China: Incorporating bioavailabillity‐based measearuments i…

最近読んだ論文のメモ: 遺伝的多様性へのフィードフォワード・汚染への適応・低酸素曝露に対する遺伝子発現

「遺伝的多様性への正のフィードフォワードループ」 Lynch M, 2015, Genetics: Feedforward loop for diversity, Nature, 523, 414-415. ニュース記事。原著(Yang S et al., 2015, Nature)はチラ見のみ。 ヘテロ接合度が高いと突然変異率(mutation rate)…

最近読んだ論文のメモ: SOMでの汚染源推定・GLM・実験室で使用する溶媒のハザード点数

「SOMを用いた底質重金属汚染源の推定」 Pandey M., Pandey A.K., Mishra A. and Tripathi B.D., 2015, Application of chemometric analysis and self Organizing Map-Artificial Neural Network as source receptor modeling for metal speciation in rive…

最近読んだ論文のメモ: cDNA-AFLPの注意点・類似度の算出・泳動のずれ補正

「生態リスク評価において何を守るべきか、常に問い続ける必要」 Iwasaki Y. and Clements W.H., 2015, A Continuous Need To Determine What We Should Protect In Ecological Risk Assessments, Environ. Sci. Technol., in press. 割とタイトル通りのview…

最近読んだ論文のメモ: 継代飼育による多様性損失・AFLPの統計解析・その他AFLP論文

「実験室での飼育による遺伝的多様性の損失」 Nowak C., Vogt C., Diogo J.B. and Schwenk, K., 2007, Genetic impoverishment in laboratory cultures of the test organism Chironomus riparius, Environ. Toxicol. Chem., 26(5), 1018-1022. 一般的な毒性…

最近読んだ論文のメモ: 内因性ノイズと外因性ノイズ・Niの毒性機構・AFLPにおけるヘテロ接合度の算出

「単一細胞における確率論的な遺伝子発現」 Elowitz M.B., Levine A.J., Siggia E.D. and Swain P.S., 2002, Stochastic gene expression in a single cell, Science, 297(5584), 1183-1186. 難しくてあまり理解できなかった…。内因性ノイズとかでググると、…

最近読んだ論文のメモ: 沿岸域での炭素吸収・UとCdの複合影響・底質の沈降

「海洋生物地球化学:沿岸域の炭素」 Gruber N., 2015, Ocean biogeochemistry: Carbon at the coastal interface, Nature, 517, 148-149. ニュース記事。元になっているのはLaruelleら(2014)の論文。 沿岸域は大気中CO2の大きな吸収源になっているとの報告…

最近読んだ論文のメモ: Welchのt検定・個体差と環境変動・遺伝子発現と親の産地

「海洋での"閉鎖的な"ネットワーク」 Limardo A.J. and Worden A.Z., 2015,Microbiology: Exclusive networks in the sea, Nature, 522, 36-37. Natureのニュース記事。藻類と細菌の間での物質のやりとりに関する話。藻類の種は同じでも系統strainが変わると…

最近読んだ論文のメモ: 遺伝的変異と遺伝子発現

「遺伝的変異と環境のばらつきが遺伝子発現に与える影響」 Scott C.P., Williams D.A. and Crawford D.L., 2009, The effect of genetic variation and environmental variation on metabolic gene expression, Mol. Ecol., 18, 2832-2843. 魚類などを使った…

最近読んだ論文のメモ: ETCのperspectives(omicsの応用)

「omics手法は環境評価に適用できるか?」 Bencic D.C., 2015, The Challenge: Real‐world application of ‘omics endpoints, Environ. Toxicol. Chem., 34(4), 700-700. Biales A.D., Fritsch E.B. and Connon R.E., 2015, In Response: Integration of ‘om…

第49回 水環境学会年会@金沢大

行ってませんが、年会講演集をゲットしたのでざっと見てみました。 面白そうだった研究と思ったことをメモ。 海面ミクロ層(Sea Surface Microlayer; SML)の微生物に着目した研究(2-C-09-4)。なんでも海面の最表層わずか1 mm未満の層のことをSMLと呼ぶそ…

最近読んだ論文のメモ: 個体群増加率と捕食圧 ・ lower-level elasticity ・ クルマエビの腸内細菌叢

「D. galeata生活史感度と個体群レベルのp-ノニルフェノールの影響」 Tanaka Y. and Nakanishi J., 2001, Life history elasticity and the population‐level effect of p‐nonylphenol on Daphnia galeata, Ecol. Res., 16(1), 41-48. カブトミジンコDaphnia…

最近読んだ論文のメモ: 個体群と休眠 ・ 実験室と野外個体群 ・ 融雪剤と浸透土壌

「休眠に投資する個体群の増加ポテンシャルの推測」 Montero-Pau J., Gabaldón C., Carmona M.J. and Serra M., 2014, Measuring the potential for growth in populations investing in diapause, Ecol. Model., 272, 76-83. 休眠卵を持つなど、一時的に休…

Rを用いた絶滅確率のモンテカルロシミュレーション:その2

Rで遊ぶのがすっかり楽しくなってきました。 その1に続いて、ファットヘッドミノーの生命表を使います(Miller and Ankley, 2004)。今度は初期個体数による絶滅確率の違いを検討してみます。その1ではw(9,2,0)の初期個体数11匹で計算していましたが、その…

個体群行列データベースComadre & Compadre

個体群行列のデータベースなるものが公開されているみたいです。 https://compadredb.files.wordpress.com/2014/10/compadreposter-japanese.pdf さっそくのぞいてみましたが、動物用のデータベースComadreはまだ建設中のようです。 植物用のCompadreを見て…

Rを用いた個体群増加率の感度解析

行列モデルを用いた個体群レベルの生態毒性評価について(参考:こちら)。 個体群の増加率(population growth rate)に対する各生活史変量aij(vital rates)の感度(sensitivity)は下の式で求められます。 ここでw,vはそれぞれ射影行列の右側固有ベクト…

Rを用いた絶滅確率のモンテカルロシミュレーション

メモ。統計ソフトRを使って、個体群の絶滅確率を計算する関数を考え中。 n回繰り返しを行って、そのうち絶滅した回数を数えればよい。 f <- function (n) { count <- 0 for (i in 1:n) { # 1~nの値をとりながら{}内を繰り返す if (絶滅する条件) count <- co…

論文「個体群レベルでの生態毒性評価に関する日本語の総説まとめ」

個体群レベルでの生態毒性評価に関する日本語の総説。 田中嘉成, 中西準子, 1998, 慢性毒性の生命表評価法と生態リスク分析, 水環境学会誌, 21 (9), 589-595. 田中嘉成, 中西準子, 1998, 生態学モデルの生態リスク分析への適用 外挿法と生活史感度解析の効用…

論文「堆肥添加によって土壌中の抗生物質耐性菌が増加した」

Natureのニュース記事で紹介されていたPNASの論文。Natureダイジェストのページに邦訳有(→こちら)。 Udikovic-Kolic N., Wichmann F., Broderick N. A. and Handelsman J., 2014, Bloom of resident antibiotic-resistant bacteria in soil following manu…

論文「混合物質の予測的環境リスク評価:概念的フレームワーク」

論文の前半部分、「ENVIRONMENTALLY REALISTIC MIXTURES」までしか読んでいませんが、つまり論文のオリジナルな部分には触れてませんが、覚書として。 Backhaus T. and Faust M., 2012, Predictive environmental risk assessment of chemical mixtures: a c…

本「アリの巣をめぐる冒険」

Amazonで評判が良かったので、購入。タイトルからアリの生態学に関する本だと思ってたら、「アリと共生する昆虫(好蟻性昆虫)の分類学」に関する本でした。 丸山宗利, 2012, アリの巣をめぐる冒険-未踏の調査地は足下に-, 東海大学出版会 分類学のことは良…

論文「地震によって地下水生態系の多様性が失われる!?」

要約ぐらいしか読んでないですが、こんな研究もあるんだーというメモ。 Earthquakes trigger the loss of groundwater biodiversity : Scientific Reports : Nature Publishing Group Earthquakes trigger the loss of groundwater biodiversity : Scientifi…