ギンザケ死亡症候群の原因物質であると2020年の年末に報告された6PPD quinone（6PPD-キノン; 6PPD-Q）の話（→2020年のScience）。6PPD-Qに関する全ての論文を詳細に読むことは既に辞めてますが、いくつか面白かったものをここにピックアップしておきます。 …

Palomares IMR, Bone AJ, 2024, Predictive value of the ToxCast/Tox21 high throughput toxicity screening data for approximating in vivo ecotoxicity endpoints and ecotoxicological risk in eco-surveillance applications, Sci Total Environ 16978…

化学物質の生物影響を調べる室内実験は、その多くが濃度応答反応を見ていて、時間と応答の関係を見ている研究は比較的少ないです。ここでは化学物質に曝露して、遺伝子発現応答の時間変化を追った研究について。 Schüttler A, Altenburger R, Ammar M, Bader…

Schaupp CM, Maloney EM, Mattingly KZ, Olker JH, Villeneuve DL, 2023, Comparison of in silico, in vitro, and in vivo toxicity benchmarks suggests a role for ToxCast data in ecological hazard assessment, Toxicological Sciences 195(2): 145-15…

尿に含まれるRNAの話を以前書きました。 水生生物の環境RNAという観点では、尿の他に皮膚と糞も重要なソースだろうと思い、今度は皮膚と糞のmRNAをシーケンスする話。これらはヒトの研究です。どちらもAmpliSeqという、PCRでターゲット遺伝子を増幅してから…

この記事の続き。 生物種によってミトコンドリアのswelling assayの応答が異なるという論文がありましたが、同じように種によって単離したミトコンドリアの応答が異なる話。 Ricchelli F, Dabbeni-Sala F, Petronilli V, Bernardi P, Hopkins B, Bova S, 200…

Zhao B, van Bodegom PM, & Trimbos KB, 2023, Environmental DNA methylation of Lymnaea stagnalis varies with age and is hypermethylated compared to tissue DNA. Molecular Ecology Resources, 23(1): 81-91. 環境DNAでメチル化を見た初の論文。異な…

Parsley M, Goldberg C, 2023, Environmental RNA can distinguish life stages in amphibian populations, Mol. Ecol. Resources, in press. これまでの環境RNAの論文は、リボソームRNAやミトコンドリアRNAなど、条件や生活段階で変化しないような遺伝子を…

ギンザケ死亡症候群の原因物質であると2020年の年末に報告された6PPD quinone（6PPD-キノン; 6PPD-Q）の話（→2020年のScience）。当時はCAS番号が割り振られていないなど、全くの新規物質でしたが環境中での検出例や動態、毒性に関する報告が色々と出てきま…

尿のにおいから、線虫にがんを診断してもらう検査があります。 その臨床における有効性はよく知りませんが、尿にいろいろな成分が含まれることは確かで、尿には数十～数百nmサイズのexosomeがあり、そこにmiRNAやmRNAが含まれているという研究は数多くあるよ…

Oxford Nanopore Technology社のシーケンサー。ナノサイズのポアにDNA・RNAを通して、その際の電流の変化から塩基配列を読み取ります。 ポアを通している途中で興味のある配列（群）でなければ、そのDNA・RNAを吐き出して、無駄な配列を読まないようにする「…

ミトコンドリアの機能の研究方法についてお勉強。酸素消費速度（OCR）とか膜電位とか。 その中でMitochondrial swelling assayというのがあり、少しメモ。Swellingとは膨潤と訳されることが多く、例えばミトコンドリアの膜透過性遷移孔（mPTP）が開く際など…

3歳半になった娘と暮らしていると、クレヨンしんちゃん（原作。アニメはほとんど知らない。）は、育児マンガだったんだなと良く思います。昔読んだクレしんの場面が頻繁に脳内再生されます。 生態毒性な分野でのRNA-Seq解析の使われ方について。何か特定の物…

Xiong B, Yang Y, Fineis FR, & Wang JP, 2019, DegNorm: normalization of generalized transcript degradation improves accuracy in RNA-seq analysis, Genome Biol 20(1): 1-18. RNAの分解度の指標であるRIN（RNA Integrity Number）。RINはrRNAをベース…

Belanger SE, Lillicrap AD, Moe SJ, Wolf R, Connors K, Embry MR, 2022, Weight of evidence tools in the prediction of acute fish toxicity. Integr Environ Assess Manag, in press. P&GのScott Belangerらによるレビュー。動物愛護・動物福祉の観点か…

Zhang Y, Yin J, Qv Z., Chen H, Li H, Zhang Y, Zhu L, 2022, Deriving freshwater sediment quality guidelines of polycyclic aromatic hydrocarbons using method of species sensitivity distribution and application for risk assessment, Water Res …

Schaupp CM, LaLone CA, Blackwell BR, Ankley GT, Villeneuve DL, 2022, Leveraging ToxCast data and protein sequence conservation to complement aquatic life criteria derivation, Integr Environ Assess Manag, accepted. USEPAからの論文。SeqAPASS…

Coleman AL, Edmands S, 2022, Data and Diversity in the Development of Acute Water Quality Criteria in the United States, Environ Toxicol Chem 41(5): 1333-1343. 自然界の生物種の多様性に比べると、ごくわずかな生物種の毒性データに基づいて設定…

Fuchylo U, Alharbi HA, Alcaraz AJ, Jones PD, Giesy JP, Hecker M, Brinkmann M (2022). Inflammation of gill epithelia in fish causes increased permeation of petrogenic polar organic chemicals via disruption of tight junctions, Environmental …

Wilkinson JL, Boxall AB, Kolpin DW, Leung KM, Lai RW, Galbán-Malagón C, ... Teta C, 2022, Pharmaceutical pollution of the world’s rivers, Proc National Acad Sci 119(8). PNAS。世界規模で医薬品・生活関連物質（PPCPs）の測定を行った論文。読み…

いつも地味に気になっているがすぐ忘れてしまうCYP代謝のメモ。 Ikenaka Y, Eun H, Ishizaka M, Miyabara Y, 2006, Metabolism of pyrene by aquatic crustacean, Daphnia magna, Aquatic Toxicol 80(2): 158-165. ミジンコにおける、PAHの1種ピレンの代謝産…

ギンザケ死亡症候群の原因物質であると昨年末報告された6PPD quinone（6PPD-キノン; 6PPD-Q）の話（→昨年末のScience）。2021年の半ばまではまだ標準品がなかったので速報的なものが多かったですが（→2021年に出た論文のまとめ）、Scienceの論文発表から丸1…

サケが川に遡上してきて産卵前に死亡する現象（Prespawn mortality）。ギンザケを対象にしたScience論文のグループの研究（NOAA、ワシントン州立大学、ワシントン大学タコマ校など）ばかり追ってましたが、この現象は他のグループからも色々報告されてました…

2020年の末にワシントンのグループによって、降雨時のギンザケ死亡の原因物質であることが報告された6PPD-キノンの続報（参考：ギンザケの死亡を引き起こすタイヤ由来の化学物質）。 Tian Z, Gonzalez M, Rideout CA, Zhao HN, Hu X, Wetzel J, ... Kolodzie…

2歳半近くになりイヤイヤ期を脱した娘。この1年間くらい、だいたい同じ年齢の甥っ子や姪っ子（つまり娘にとってはいとこ）と会うたびに、おもちゃを取り合って衝突していましたが、ようやくそれが収まる兆しを見せてきたかも。帰省の間、数回に1回、自ら引く…

論文書きのための論文読みばかり続くと、テンション下がってきますよね。漫然と読みたい時もある。てことで面白そうだったマイクロプラスチック論文。今のところマイクロプラには（ほぼ）自らの研究でかかわってませんが、来年度はいくつか関わりそうな感じ……

Tanimoto H et al., 2005, Significant latitudinal gradient in the surface ozone spring maximum over East Asia, Geophys Res Letters 32(21): 1-5. 忘れそうなのでメモ。 地表のオゾン濃度には季節的な周期性があって、日本含む東アジアでは春に高くな…

Wagner S, Klöckner P, Reemtsma T, 2021, Aging of tire and road wear particles in terrestrial and freshwater environments–A review on processes, testing, analysis and impact. Chemosphere: 132467. タイヤ由来の微量物質やマイクロプラスチックな…

雨が降ると河川や湖沼に流れ出る道路塵埃（路面粉塵）。道路塵埃中には多くの有害物質が含まれるので、降雨時の水域で水生生物への悪影響が検出されることが、しばしばあります。 雨が降るまで道路塵埃が路面上で放置される時間（先行晴天時間; antecedent d…

Knapen D, 2021, Adverse outcome pathways and the paradox of complex simplicity, Environ Toxicol Chem. in press. 短い意見論文。ET&CのPoints of Referenceという枠。 AOP NetworkのKnapen氏が書いてたので、読んでみました。 AOP（Adverse Outcome Pa…