a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

論文

論文のメモ: 底質試験における細粒分の影響

底質試験はふつうの水系の毒性試験に比べて交絡因子が多くなりがちです。細粒分含有率もそのひとつ。 似たような話はこのへんにも。 「カイミジンコを用いた底質試験における細粒分の影響」 Casado-Martinez M.C., Burga-Pérez K.F., Bebon R., Férard J.F.,…

論文のメモ: 底質の何%が路面堆積物に由来するのか

路面上に堆積している塵埃は雨天時に水域に運ばれます。水に溶けにくい、あるいは分解されにくい物質は水域の底質として蓄積していきます。では、底質の何%が路面堆積物に由来するのか。その割合を調べた論文たち。 「総説:タイヤの摩耗粒子の発生と影響」…

論文のメモ: 在来種とそれ以外の種でのSSD

先日の環境毒性学会の話を先生としてたら、「SSD(Species sensitivity distribution)って日本にいない種で作っても良いの?」と言う話になりました。 感覚的には日本にいない種でSSDやHC5を推定しても、日本にいる種で推定した場合とあまり変わりがなさそ…

論文のメモ: 都市環境における農薬の分布

以前、道路での除草剤・殺虫剤散布について調べました。その時は有益な情報をあまり見つけられなかったので、新たに情報を追加してみました。 「都市における塵埃粒子中の殺虫剤の分布」 Richards J., Reif R., Luo Y., and Gan J., 2016, Distribution of p…

論文のメモ: ヨコエビの曝露試験による環境底質の汚染評価

急性致死影響が出ないレベルの汚染底質を主な対象として、ヨコエビの曝露試験を実施した論文たち。古典論文多め。 「非汚染底質におけるヨコエビと二枚貝の成長」 Nipper M.G. and Roper D.S., 1995, Growth of an amphipod and a bivalve in uncontaminated…

論文のメモ: NGSのコスト

NGSでのシーケンス費用について。 論文等で報告されているものを整理してみました。IlluminaのHiseqを使ってRNA-seqしたものを対象にしてます。 1US$は110円として計算しました。外注委託の見積もり価格はもっと高くなってるけどなぜ?例えばここでは4Gbで14…

論文のメモ: DaphniaからのDNA抽出法など

「DaphniaからのDNA抽出法」 Athanasio C.G., Chipman J.K., Viant M.R. and Mirbahai L., 2016, Optimisation of DNA extraction from the crustacean Daphnia, Peer J, 4, e2004. アラートで知った論文。Peer Jの論文ってどういうものなんだろうという興味…

論文のメモ: Adverse Outcome Pathways (AOP)

名前は聞いていたけど、その中身はちゃんと分かっていなかったAdverse Outcome Pathways (AOP) についてざっくり勉強しました。 「AOP: 生態毒性研究とリスク評価を支える概念的な枠組み」 Ankley G.T., Bennett R.S., Erickson R.J., Hoff D.J., Hornung M.…

論文のメモ: DEGの選択方法

発現が変動している遺伝子 DEG (Differentially expressed genes) を検出、選別する方法。マイクロアレイに関してはたくさんの手法が提案されていて、いくつか読んでみました。 「Rank Products法」 Breitling R. Armengaud P., Amtmann A. and Herzyk P., 2…

論文のメモ: Biotic Ligand Modelで考慮されていない水質の影響

環境試料に含まれている溶存態重金属がどれくらい毒性に寄与しているか推定中。今扱っている実験系では、各金属のフリー態濃度までは算出できるけど、Biotic Ligand Modelのように生物リガンドへの吸着量を推定するのは難しそう。どうしよう…。 というところ…

論文のメモ: 路面排水の生態影響

降雨時の路面排水が及ぼす生態影響を、バイオアッセイで調べた文献たち。 「降雨時間と高速道路排水の毒性との関係」 Kayhanian M., Stransky C., Bay S., Lau S.L., and Stenstrom M.K., 2008, Toxicity of urban highway runoff with respect to storm dur…

論文のメモ: ヨコエビの慢性試験用の人工淡水

「人工淡水におけるヨコエビの活動に及ぼす臭素の影響」 Ivey C.D. and Ingersoll C.G., 2016, Influence of bromide on the performance of the amphipod Hyalella azteca in reconstituted waters, Environ Toxicol Chem, accepted. ヨコエビの飼育・慢性…

最近読んだ論文のメモ: ニコチンの生態毒性 その5 ~微生物分解~

まだニコチン関連の論文読んでます。こうやって一つの物質に関して色んな角度から情報を収集するのって、意外と楽しいですね。 「カフェイン・コチニン・ニコチンの微生物分解」 Bradley P.M., Barber L.B., Kolpin D.W., McMahon P.B. and Chapelle F.H., 2…

最近読んだ論文のメモ: ネオニコチノイドによる遅発毒性について

前回の記事のネオニコチノイドの曝露時間と影響との関係を書いていて、昔、ネオニコのような神経系の毒は遅発性だと読んだのを思い出しました(この記事とか)。 ネオニコの遅発毒性 delayed toxicity に関する文献を、さらに探ってみました。 「イミダクロ…

最近読んだ論文のメモ: ニコチンの生態毒性 その4 ~ネオニコの作用機序との比較~

ニコチン毒性の作用機序は、農薬のネオニコ関連でたくさん研究されているようす。 Yamamoto I., Yabuta G., Tomizawa M., Saito T. Miyamoto T. and Kagabe T., 1995, Molecular mechanism for selective toxicity of nicotinoids and neonicotinoids, J. Pe…

最近読んだ論文のメモ: パルス曝露の影響

定常的な曝露ではなくて、短期間の曝露の影響についてどんな研究がなされているのかちょっとだけ調べてみました。農薬の研究が結構多いみたいです。 「短期間の殺虫剤曝露がヨコエビの生存と繁殖能に与える影響」 Cold A. and Forbes, V.E., 2004, Consequen…

最近読んだ論文のメモ: タバコの吸い殻やニコチンによる生態毒性 その3 ~ニコチンのfate~

これまで、タバコの吸い殻による生態毒性に関していくつか文献を読んできました。タバコ浸出液にTIEを適用してニコチンが主な毒性要因らしいとした論文や、タバコ吸い殻からのニコチン浸出量を測定した論文など。 最近読んだ論文のメモ: タバコの吸い殻やニ…

最近読んだ論文のメモ: 個体群増加率の信頼区間の求め方

例えば50匹の試験生物のフルライフサイクル試験をおこなったとき。試験データをもとに推移行列を作成して、個体群増加率を求めます。その時、データのばらつきはどう表現すべきなのでしょう? ばらつきがないと条件間の差は評価しづらい? ブートストラップ…

最近読んだ論文のメモ: SVMによる遺伝子の分類 -影響の大きさ予測-

「影響レベルを分類するエンドポイントとしての転写産物の解析」 de Boer T.E., Janssens T.K., Legler J., van Straalen N.M. and Roelofs D., 2015, Combined transcriptomics analysis for classification of adverse effects as a potential endpoint in…

最近読んだ論文のメモ: AFLPとGLM・q値

AFLPのような0/1データ*1をどうやって量的データと関連付けようか、その参考にした論文。 「低木の燃焼性の違いを説明できる遺伝的要因」 Moreira B., Castellanos M.C. and Pausas J.G., 2014, Genetic component of flammability variation in a Mediterra…

最近読んだ論文のメモ: タバコ吸い殻による生態毒性 その2

この前に続き、タバコ吸い殻の浸出液の生態毒性。 「タバコ吸い殻浸出液のTIE」 Micevska T., Warne M.S.J., Pablo F. and Patra R., 2006, Variation in, and causes of, toxicity of cigarette butts to a cladoceran and microtox, Arch. Environ. Contam…

最近読んだ論文のメモ: 底質の性状と重金属の繁殖阻害毒性

「底質の特性と摂食曝露によって説明される銅の非致死毒性」 Campana O., Simpson S.L., Spadaro D.A. and Blasco J., 2012, Sub-lethal effects of copper to benthic invertebrates explained by sediment properties and dietary exposure, Environ. Sci.…

最近読んだ論文のメモ: タバコの吸い殻やニコチンによる生態毒性

ついこの前、アセチルコリンエステラーゼ阻害を持つ農薬 (カーバメイト系・有機リン系) の毒性が塩分増加に伴って増大することを示す論文をいくつか読んでました。もしかしたらニコチンも同様の作用を示すのではと思い、また論文探し。 「魚類に対するタバコ…

最近読んだ論文のメモ: 除草剤・殺虫剤の毒性と塩分

もしかしたらと思い付きで、高速道路などにおける除草剤の使用について調べてます。今は道路などで除草剤の散布はほとんどされてないだろうとは思いつつ。 あまり情報が見当たらなかったのですが、平成元年の国会質問で高速道路での除草剤使用について触れら…

最近読んだ論文のメモ: 底質のTIE (底質抽出画分をスパイクする場合)

「底質と底質抽出物の毒性評価」 Wiklund A.K.E. and Broman B.S.D., 2005, Toxicity evaluation by using intact sediments and sediment extracts, Mar. Pollut. Bull., 50(6), 660-667. パルプ工場付近の底質の毒性を、ヨコエビMonoporeia affinisによっ…

最近読んだ論文のメモ: 内的増加率rと絶滅確率

「ワムシ個体群の絶滅確率:内的増加率rとの比較」 Snell T.W. and Serra M., 2000, Using probability of extinction to evaluate the ecological significance of toxicant effects, Environ. Toxicol. Chem., 19(9), 2357-2363. 2013年度に卒業したT君の…

最近読んだ論文のメモ: transcriptome実験の再現性・河川水に曝露した巻貝のcDNA-AFLP

「Ecotoxicogenomicsにおけるマイクロアレイ実験の再現性:lab間比較」 Vidal-Dorsch D.E., Bay S.M., Moore S., Layton B., Mehinto A.C., Vulpe C.D., Brown-Augustine M., Loguinov A., Poynton H., Garcia-Reyero N., Perkins E.J., Escalon L., Denslow…

最近読んだ論文のメモ: 汚染と遺伝的多様性・野外集団とlab集団の感受性の違い

汚染と遺伝的多様性、汚染と適応adaptation(遺伝的な変化)あるいは順応acclimation(非遺伝的で可逆的な変化)について。 「北極海ヨコエビ集団の遺伝的多様性とレジリエンスに関連した局所的な汚染」 Bach L., and Dahllöf I., 2012, Local contamination…

最近読んだ論文のメモ: 仮説検定の報告の仕方・nMDSデータの示し方

日野明徳, 2015, 環境影響評価における海と陸の同床異夢, 日本水産学会誌, 81(2), 205-205. 「代表生物種」を決めて環境評価をおこなうプロセスは妥当なのか、という問題提起。耳の痛い話です。 静的な現象のみ対象にしていれば、代表種を決めるのもおかしな…

最近読んだ論文のメモ: omicsデータの用量応答モデル

「omicsデータの用量応答モデル」 Smetanová S., Riedl J., Zitzkat D., Altenburger R. and Busch W., 2015, High throughput concentration‐response analysis for omics datasets, Environ. Toxicol. Chem., 34 (9), 2167-2180. 個体レベルではS字型の曲…