AFLP
AFLPのような0/1データ*1をどうやって量的データと関連付けようか、その参考にした論文。 「低木の燃焼性の違いを説明できる遺伝的要因」 Moreira B., Castellanos M.C. and Pausas J.G., 2014, Genetic component of flammability variation in a Mediterra…
「Ecotoxicogenomicsにおけるマイクロアレイ実験の再現性:lab間比較」 Vidal-Dorsch D.E., Bay S.M., Moore S., Layton B., Mehinto A.C., Vulpe C.D., Brown-Augustine M., Loguinov A., Poynton H., Garcia-Reyero N., Perkins E.J., Escalon L., Denslow…
汚染と遺伝的多様性、汚染と適応adaptation(遺伝的な変化)あるいは順応acclimation(非遺伝的で可逆的な変化)について。 「北極海ヨコエビ集団の遺伝的多様性とレジリエンスに関連した局所的な汚染」 Bach L., and Dahllöf I., 2012, Local contamination…
「cDNA-AFLPのばらつきの原因」 Weiberg A. and Karlovsky P., 2009, Components of variance in transcriptomics based on electrophoretic separation of cDNA fragments (cDNA‐AFLP), Electrophoresis, 30(14), 2549-2557. cDNA-AFLPのデータのばらつきは…
「遺伝的多様性への正のフィードフォワードループ」 Lynch M, 2015, Genetics: Feedforward loop for diversity, Nature, 523, 414-415. ニュース記事。原著(Yang S et al., 2015, Nature)はチラ見のみ。 ヘテロ接合度が高いと突然変異率(mutation rate)…
「AFLPのスコアニング方法」 Whitlock R., Hipperson H., Mannarelli M., Butlin R.K. and Burke T., 2008, An objective, rapid and reproducible method for scoring AFLP peak‐height data that minimizes genotyping error, Mol. Ecol. Res., 8(4), 725-…
「生態リスク評価において何を守るべきか、常に問い続ける必要」 Iwasaki Y. and Clements W.H., 2015, A Continuous Need To Determine What We Should Protect In Ecological Risk Assessments, Environ. Sci. Technol., in press. 割とタイトル通りのview…
「実験室での飼育による遺伝的多様性の損失」 Nowak C., Vogt C., Diogo J.B. and Schwenk, K., 2007, Genetic impoverishment in laboratory cultures of the test organism Chironomus riparius, Environ. Toxicol. Chem., 26(5), 1018-1022. 一般的な毒性…
「単一細胞における確率論的な遺伝子発現」 Elowitz M.B., Levine A.J., Siggia E.D. and Swain P.S., 2002, Stochastic gene expression in a single cell, Science, 297(5584), 1183-1186. 難しくてあまり理解できなかった…。内因性ノイズとかでググると、…
放医研が開発したHiCEP手法(High-coverage expression profiling)。HiCEPという新しい名前を冠してはいますが、手法はほぼcDNA-AFLPそのものです。 Fukumura R., Takahashi H., Saito T., Tsutsumi Y., Fujimori A., Sato S., Tatsumi K., Araki R. and Ab…
蛍光標識を用いたAFLPは、従来の放射性標識とは異なる手法を取る必要がある、という論文。 Papa R., Troggio M., Ajmone-Marsan P. and Nonnis Marzano F., 2005, An improved protocol for the production AFLP™ markers in complex genomes by means of ca…
Vosら(1995)によって開発されたオリジナルのAFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism)は、放射性標識されたプライマーを使用していました。しかし蛍光色素で標識する方が、放射性標識より分析は簡易です。 ただ蛍光標識を用いたAFLPをfAFLP(floure…
論文の主題である定量比較の部分は、読んでいません。cDNA-AFLPが、遺伝子発現をどれほど網羅的に解析できるのか、に関する部分のみ読んでみました*1。 Reijans M., Lascaris R., Groeneger A.O., Wittenberg A., Wesselink E., van Oeveren J., de Wit E., …