Linux
※2019.10.16追記。Flye ver 2.6(2019.09.16~)からPython 3に対応したそうです。タイミング悪かった…。 この記事(MaSuRCAのインストールエラー)の続き。 今度はCanuよりも評判が良いFlyeをインストール。MaSuRCAで苦しんだのでBiocondaでインストールしよ…
Nanopore現場の会、行けなかった。 楽しそうだったので残念です。 MinIONとMiSeq・HiSeqで読んだリードをいろんなアセンブラにかけようと試しているところ。 Canuを試してみたけどMinIONのカバレージが低いので、Canuのようなロングリードベースのアセンブラ…
NGSで読んだcDNAをデータベースに登録するとき、生配列はSRA(Sequence Read Archive)だけど、アセンブリ配列はTSA(Transcriptome Shutgun Assembly)という区分だそうな。 提出するfastaファイルは以下の形式に則っていないとダメだそうです。 >CLN01 <--…
12/6(火)からlinuxのコマンドライン上でlocal blastxをおこなってますが、まだ終わらない…。こんな感じのコマンドを入力してから、もうじき7日経ちます。 blastx -query Trinity.fasta -db nr -max_target_seqs 2 -outfmt 5 -evalue 1e-05 -num_threads 6 -o…
次世代シーケンサーのデータ解析に、大学で放置されていたLinuxを使い始めました。Linuxはほぼ触ったことがなかったので、解析の入り口に立つまでにかなり苦労しました。 Ubuntuのバージョンは12.04 LTS。 「Ubuntuのアップグレードをしませんか」みたいなメ…