a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

論文「転写産物の次世代シーケンス:非モデル動物におけるRNA単離ガイド」

前回に続きRNA固定・抽出のTips論文。

次世代シーケンサーの発展により、ショウジョウバエやマウスのようなモデル生物以外の生物種でもRNA抽出をおこなうことが増えました。

モデル生物で確立されたRNA抽出法・前処理法を、他の生物にそのまま適用しても上手くいかないことがあります。そこでモデル生物以外の生物種を使って、前処理条件やRNA抽出条件をいろいろ検討してみたという論文です。

 Gayral P., Weinert L., Chiari Y., Tsagkogeorga G., Ballenghien M. and Galtier N., 2011, Next‐generation sequencing of transcriptomes: a guide to RNA isolation in nonmodel animals, Mol. Ecol. Resources, 11(4), 650-661.

 

へぇーと思ったのは、昆虫や巻貝の体全部*1RNA固定をおこなう際の前処理です。RNA固定液であるRNA laterにつける前に、昆虫なら体を切断する、巻貝なら殻を除去する、といった処理をしなければRNAがうまく固定できず、分解してしまうようです。甲殻類では、分厚い外骨格のためにそのままだとRNA laterが体内に浸透しないんですね。

 

2015.05.22追記

似たような論文見つけました。やはりsmall piecesに切断してからRNA固定していますね。

 Hillyard G. and Clark M.S., 2012, RNA preservation of Antarctic marine invertebrates, Polar Biol., 35(4), 633-636.

 

*1:組織の一部分だけじゃなくて。