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a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

論文のメモ: DaphniaからのDNA抽出法など

「DaphniaからのDNA抽出法

Athanasio C.G., Chipman J.K., Viant M.R. and Mirbahai L., 2016, Optimisation of DNA extraction from the crustacean Daphnia, Peer J, 4, e2004.

アラートで知った論文。Peer Jの論文ってどういうものなんだろうという興味本位で読んでみました。

Daphnia magnaのDNA抽出法を検討した研究。Whole bodyを用いて抽出すると甲皮(carapace)に含まれるキチンの吸光度が260 nmなので、吸光度でDNA濃度を測ると過大評価になる話とか、RNA later+アルコールベースの抽出法だと塩が共沈して残ってしまうという話とかは参考になりました。

 

(2016.08.21 追記)

DNAの質(断片長)や収量に与える影響は、抽出法より破砕法 homogenization の方が大きいそうです。Plastic pellet pestleでの破砕は、protease Kやビーズでの破砕に比べて長いDNA断片を取得できてます。収量はビーズ破砕 > pestle >> protease K。

 

「DaphniaのDD-PCR条件検討

Diener L.C., Schulte P.M., Dixon D.G. and Greenberg B.M., 2004, Optimization of differential display polymerase chain reaction as a bioindicator for the cladoceran Daphnia magna, Environ. Toxicol., 19 (3), 179-190.

論文の内容は、primer combinationとかDaphniaの個体差とかの条件を検討しているだけで、なんてことのないものです。が、研究の初期段階でこういう基礎的な検討を丁寧にやっておけばよかったなぁと反省。次に実験を立ち上げるときはこういうことをやりたい。