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a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

blast+の計算時間

12/6(火)からlinuxコマンドライン上でlocal blastxをおこなってますが、まだ終わらない…。こんな感じのコマンドを入力してから、もうじき7日経ちます。

blastx -query Trinity.fasta -db nr -max_target_seqs 2 -outfmt 5 -evalue 1e-05 -num_threads 6 -out out_nr.xml

 

海外の掲示板を見ると*1、「小さいマシンなら20k proteinのblastpは7~14日で終わる」と言ってます。たぶんCPU8とかの普通のパソコンの話。別のページでは「30kの核酸配列をnrデータベースでblastxすれば10日はかかる」とのこと。自分のデータは約80kなので、もっと時間がかかるかな…。11月中旬に、ほぼ同じ条件でntを対象にblastnをした時は一晩で終わったのに、nrとntでこれほど違うのか。

 

 

time blastx -query ......

このtimeコマンドでblastxの計算時間を見てみようとしたのですが、このコマンドだけで3時間もかかっていたのでイラついて止めちゃいました。

*1:掲示板へのリンクを貼るとBad requestと出てブログが更新できません。