D2のWさん関係で、環境DNAに最近興味あり。
「古腹足類のミトコンドリアゲノム全長配列」
Williams S.T., Foster P.G., and Littlewood D.T.J., 2014, The complete mitochondrial genome of a turbinid vetigastropod from MiSeq Illumina sequencing of genomic DNA and steps towards a resolved gastropod phylogeny, Gene, 533 (1), 38-47.
ミトコンドリアDNAは全長16~18kbほどなので、NGSを用いればde novoでも比較的容易に全長解析できるんですね。この論文では150bpペアエンドのMiSeqで4.1Mリード読んでます。
核・ミトコンドリアを一緒くたにしてではなく、ミトコンドリアのみ抽出してます。抽出法は下の論文から。
(追記2018.11.23)
普通、ミトコンドリアDNAのエンリッチメントはわざわざやらないそうですね。ミトコンドリアの方が多いから、そこまでせずともNGSで全部読めば勝手にミトコンドリアが繋がる場合が多いとか。
(追記終わり)
Tamura K. and Aotsuka T., 1988, Rapid isolation method of animal mitochondrial DNA by the alkaline lysis procedure, Biochem. Genetics, 26 (11-12), 815-819.
Wさんの研究も、いっそ近縁種含めてミトコンドリアDNAを全長解析すれば、より確実で発展性のあるものにできそう。
