RNA-Seq Blogで紹介されていた論文。
Simoneau J, Dumontier S, Gosselin R, Scott MS, 2019, Current RNA-seq methodology reporting limits reproducibility, Briefings in Bioinformatics.
RNA-Seqをおこなって、生データのリポジトリ場所・前処理ツール・アラインメント手法（or de novo）・リファレンス配列の入手先・アラインメントツール・定量方法をきちんと書いてない論文多すぎ、という注意喚起。
RNA-Seqの解析ツールは常に新しいものを追い求めよ、と書いていてマッピングツールであるTopHatとHISATの比較をしてます。TopHatは開発が打ち切られ、その後継としてHISTAが指定されていますが、未だTopHatを使い続けている論文が出ているそうです（下図）。
でも、使い続ける気持ちは分かります。論文のタイトルにあるようなreproducibility再現性を確保したければ昔のツールと併用して比較しなければならないし。
Please stop using Tophat https://t.co/Es4ohxOEyx Cole and I developed the method in *2008*. It was greatly improved in TopHat2 then HISAT & HISAT2. There is no reason to use it anymore. I have been saying this for years yet it has more citations this year than last #methodsmatter
— Lior Pachter (@lpachter) 2017年12月2日
