NGSでのシーケンス費用について。
論文等で報告されているものを整理してみました。IlluminaのHiseqを使ってRNA-seqしたものを対象にしてます。
1US$は110円として計算しました。外注委託の見積もり価格はもっと高くなってるけどなぜ？例えばここでは4Gbで14万円だから、1Mb当たり35円。全然ちゃうやん。上の表の中でもSboner et al. (2011) などはライブラリ調整費用も含んでるみたいですし、なぜでしょう。委託と自前解析の差？
根本的なとこで思い違いしているかも。
参考にした文献は下。
近藤直人, 2012, NGS購入ガイド（必要なもの）, 細胞工学別冊: 次世代シークエンサー 目的別アドバンストメソッド, p. 17-24, 監修: 菅野純夫, 鈴木譲, 学研メディカル秀潤社.
Sboner A., Mu X.J., Greenbaum D., Auerbach R.K. and Gerstein M.B., 2011, The real cost of sequencing: higher than you think, Genome Biol., 12 (8), 125.
あとこのサイト→https://wikis.utexas.edu/display/GSAF/Pricing
