先日WGCNA（Weighted Gene Coexpression Network Analysis）を試しに使ってみました（この記事 → 論文のメモ: 生態毒性研究へのWGCNAの適用）。しかし、遺伝子発現のデータは別に直線関係ばかりではないので（最近読んだ論文のメモ： omicsデータの用量応答…

AOP（Adverse Outcome Pathways）の構築に、網羅的な生物応答の解析技術（omics）を用いて何ができるかというお話し。omicsの中でも特にtranscriptomicsについて。 「化学物質リスク評価へAOPを適用するうえでomicsの果たす役割」 Brockmeier EK, Hodges G, …

「交通関係の汚染に曝露されたブラウントラウトの肝臓の遺伝子発現プロファイル」 Meland S, Farmen E, Heier LS, Rosseland BO, Salbu B, Song Y, Tollefsen KE, 2011, Hepatic gene expression profile in brown trout (Salmo trutta) exposed to traffic …

重み付き遺伝子共発現ネットワーク解析（WGCNA; weighted gene co-expression network analysis）のはなし。 「遺伝子共発現ネットワークによるDaphniaの繁殖影響予測」 Asselman J, Pfrender ME, Lopez JA, Shaw JR, De Schamphelaere KAC, 2017, Gene co-e…

2017年の振り返りと、今年2018年にやりたいこと。 2017年は 、学位取得後ポスドクとして過ごした初めての年でした。ただ所属は変わってないこともあって、正直まだまだ学生気分で適当にやってます。2017年の始めに書いた目標（去年の振り返りと2017年にやり…