米国のToxCast and Tox21プログラムで多数の化学物質に対するin vitro assayデータが生み出されています。それらのデータを、環境中の化学物質モニタリングデータと組み合わせて、リスクの高い化学物質をスクリーニングしようと試みた論文。方向性はここで書…

前回の続き。今回は、STRINGdbから得たPPI networkの情報を、DEG解析（Differentially Expressed Genes）の結果と絡める方法について書きます。 前回までの話 ゼブラフィッシュのPPI networkをSTRINGdbから取得します。例えばこんな感じのデータ。 > full.gr…

タンパク質間相互作用 (protein-protein interaction; PPI) のデータベースであるSTRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)。以下は、そのデータを使ってRでネットワーク解析してみた個人的な備忘録です。大部分は"STRINGdb Pa…