某オンラインセミナーで紹介されていた論文たち。 河川や海、陸域における生物種の在、不在や生物量を推測するための環境DNA（eDNA）。環境DNAは、既に死んでいる生物からも検出されるため、本当はその対象地域に生息していない魚種なのに漁港や家庭排水のた…

悔しい気持ちはあるけど、それ以上に妄想が広がって楽しい。ただ悔しい気持ちが少ないのは、今はもうこの界隈から手を引きかけていたからかも。 Tian Z, Zhao H, Peter KT, Gonzalez M, Wetzel J, Wu C, ... McIntyre JK, Kolodziej EP, 2020, A ubiquitous …

SpotifyがYour Top Songs 2020なるリストを出してくれてました。 Top 1~15がこれ。 Slyが1位とは。。本当に2020年のリストでしょうか、これは。 今年上半期に謎のSly&The Family Stone再評価の波が（自分の中で）来てたのでした。確かにThank Youは聴きまく…

土壌汚染の生態リスク評価について。 底質のリスク評価では、間隙水と底質と生物の3相で化学物質の平衡状態を仮定する平衡分配理論（Equilibrium Partitioning Theory; EqP）を割と良い感じで使えて、非イオン性の有機物については、間隙水のフリー溶存態で…

TK-TD（Toxicokinetics-Toxicodynamics）モデルのGUTS（General Unified Threshold model of Survival）のRパッケージについて。なぜか2つもあってややこしいので、メモ。 GUTSは、Tjalling Jagerさんらが2011年に発表したTK-TDモデルの一つで、Critical Bod…

Albini D, Fowler MS, Llewellyn C, Tang KW, 2020, Turning defence into offence? Intrusion of cladoceran brood chambers by a green alga leads to reproductive failure, Royal Society Open Sci 7(9): 200249. 偶然出あった論文。 緑藻類のクロレラが…

この記事の続き。 化学物質に対する感受性が生物種によってなぜ異なるのか、という問題。そのものズバリな総説が出てました。 van den Berg SJ, Maltby L, Sinclair T, Liang R, van den Brink PJ, 2020, Cross-species extrapolation of chemical sensitivi…

このへんの話 の続き。忘れそうなのでメモ。 Norman JE, Kuivila KM, and Nowell LH, 2012, Prioritizing pesticide compounds for analytical methods development: U.S. Geological Survey Scientific Investigations Report 2012–5045, 206 p. USGSでは、…

某ゲノムアナウンスメントを投稿した時の話。 ある学術誌にゲノムアナウンスメント（ゲノム情報の簡単な説明を書いた短報）が受理されて、APC（Article Publicationn Charge）を支払い、著者校閲を済ませ、出版同意書（Author Publishing Agreement）も提出…

Narcoticな毒性（あるいはbaseline toxicity）は、物質が生物膜に移行して、膜の完全性（integrity）を破壊するために生じると言われています。 そして毒性の大きさは、一般に生物種を問わず、脂質中の物質濃度で決まるとされています。 一方、生物体内の受…

最近ET&C（Environmental Toxicology & Chemistry）にPoints of Referenceなる短いコーナーが出来ました。1,000 words以内の査読なしの意見論文だそうです。そのPoRに、今年になって土壌、底質の話が何度か登場していたので、メモっておきます。 Neaman A, S…

// USEPAのPAHの底質基準（USEPA,2003,EPA/600/R-02/013）のベースとなっている理論であるTLMと、その底質基準への応用について。 Di Toro DM, McGrath JA, Hansen DJ, 2000, Technical basis for narcotic chemicals and polycyclic aromatic hydrocarbon c…

// 前回書いたように、底質基準の設定法にはざっくり3つのアプローチがあります。 2つ目のアプローチ（EqP）では、分配係数Kdと水のみ曝露の毒性値Cw（≒水質基準値）を用いて、底生生物に影響の生じうる底質濃度Csを算出します。 (Eq.1) このKdは通常、底質…

ひきつづき自宅就業中。 Nowell LH, Norman JE, Ingersoll CG, Moran PW, 2016, Development and application of freshwater sediment-toxicity benchmarks for currently used pesticides, Sci Total Environ 550: 835-850. ちら見して放っていた論文。底質…

面白いし、読みやすい。オススメです。 一見すると不合理な進化、例えば不完全な擬態など、はどうして生じるのか。 なんらかの制約によって進化が中途半端になってしまったのか、それとも実は自然淘汰を経て十分に適応した結果（＝環境に適した形質が残った…

絶賛自宅就業中。 Anderson B, Phillips B, Voorhees J, Siegler K, Trowbridge P, 2020, Size-specific responses of the amphipod Eohaustorius estuarius to clay in sediment toxicity testing, Environ Sci Pollut Res 1-8. ここに昔書いたのと同じマイ…

化学物質の作用機序(mode of action; MoA) 。 あるMoAは特定の生物分類群に強い毒性を示すが、別の分類群には効きにくい。一方生態系の保護は、特定の分類群だけでなく、全ての分類群をなるべく対象にしたい。MoAの情報をどのように生態リスク評価・管理に役…

タイトル通り。 これまで普通にトリミングしてました。確か（クオリティ）トリミングあり/なしでde novoアセンブリの結果があまり変わらないとかは自分で確認しましたが、mRNA定量への影響はそう言えば検証してませんでした。 こういう「一部では常識」みた…

化学物質の汚染にさらされたとき、ある生物種の個体群（または複数種の集まりcommunity）が化学物質に対する耐性を持つことは良く知られています。殺虫剤に耐性を持つ蚊や抗生物質の効かない薬剤耐性菌などが特に有名ですね。 耐性を獲得するメカニズムは、…

種の感受性分布（Species Sensitivity Distribution; SSD）。 化学物質に対する生物種の感受性は、経験的に対数正規分布にフィットすることが知られています。その性質を利用して累積分布関数で種の感受性を表現したのがSSDです。SSDを利用して5%の種が影響…

Holmes SJ, 1903, Sex recognition among amphipods, Biological Bulletin 5(5): 288-292. 論文というかエッセイのような書き物。 ヨコエビのメスは脱皮直後にしか産卵しないため、オスはその瞬間を逃さぬようメスを背後から抱きかかえて過ごします。この行…

Burkard M, Betz A, Schirmer K, Zupanic A, 2019, Common gene expression patterns in environmental model organisms exposed to engineered nanomaterials: A meta-analysis, Environ Sci Technol 54(1): 335-344. スイスからの論文。 ナノマテリアルに…

ノーベル賞受賞前からM氏にオススメされていたけどスルーしていたカズオイシグロ。「合成生物学の衝撃」で引用されていて、俄然興味が出て読みました。ちなみに「合成生物学の衝撃」は生物学の話はほぼなくて、期待外れでした（ちゃんとレビューを確認してか…

ある生物のドラフトゲノムをどこに公開しようかと思ってたら、こんな論文見つけました。 Smith DR, 2016, Goodbye genome paper, hello genome report: the increasing popularity of ‘genome announcements’ and their impact on science, Briefings in Fun…