フリーサイトメーター（FCM）で単離したミトコンドリアの膜電位やROS産生を評価した論文のメモ。手法を参考にするかも。 単離ミトコンドリア実験についての関連するメモはここ。 Mattiasson G, 2004, Flow cytometric analysis of isolated liver mitochondr…

ギンザケ死亡症候群の原因物質であると2020年の年末に報告された6PPD quinone（6PPD-キノン; 6PPD-Q）の話（→2020年のScience）。いくつか面白かったものをここにピックアップしています。AIによってサーベイが容易にできるようになった今でも、こうやって記…

因果探索の応用について。このへんの記事の続き。 Brouillard P, Squires C, Wahl J, Kording KP, Sachs K, Drouin A, Sridhar D, 2024, The Landscape of Causal Discovery Data: Grounding Causal Discovery in Real-World Applications, arXiv:2412.01953.…

Long L, Xu XL, Duan YF, Long L, Chen JY, Yin YH, Zhu YG, Huang Q, 2024, Extracellular Vesicles Are Prevalent and Effective Carriers of Environmental Allergens in Indoor Dust, Environ Sci Technol 59(4): 1969-1983. 面白い！室内ダストの細胞外…

Michaelis P, Klüver N, Aulhorn S, Bohring H, Bumberger J, Haase K, Kuhnert T, Küster E, Krüger J, Luckenbach T, Massei R, Nerlich L, Petruschke S, Schnicke T, Schnurpel A, Scholz S, Schweiger N, Sielaf D, Busch W, 2025, Leveraging zebra…

Prakash S, Xia F, Erosheva E, 2024, A Diagnostic Tool for Functional Causal Discovery, arXiv:2406.07787. 観察データから因果の向きを推定する因果探索（causa discovery）の手法であるLiNGAM（Linear Non-Gaussian Acyclic Model）が、2変量の因果の…

AOP（Adverse Outcome Pathways）は、分子レベルから個体・個体群レベルの生物影響をつないで、化学物質の悪影響を整理する枠組みです。そのAOPと因果関係、因果推論についての話。 Spînu N, Cronin MT, Madden JC, Worth AP, 2022, A matter of trust: lear…

Sampurna, B. P., Audira, G., Juniardi, S., Lai, Y. H., & Hsiao, C. D. (2018). A simple imagej-based method to measure cardiac rhythm in zebrafish embryos, Inventions 3(2): 21. マジのメモ。Image Jで動画を取り込んで、心拍数のデータを取得する…

Verdier H, Datry T, Logez M, Konecny‐Duprè L, Gauthier M, Lefébure T, 2024, Environmental DNA Particle Size Distribution and Quantity Differ Across Taxa and Organelles, Environmental DNA 6(5): e598. 似たような論文も多々ある中でこれをピック…

Maathuis MH, Colombo D, Kalisch M, Bühlmann P, 2010, Predicting causal effects in large-scale systems from observational data, Nature Methods 7(4): 247-248. 変数間の因果関係が分からないときに因果効果を求める方法。Intervention-calculus when…

「環境DNAのシーケンス = アンプリコンシーケンス」とは限らないよという論文たち。 Manu S, Umapathy G, 2023, Deep sequencing of extracellular eDNA enables total biodiversity assessment of ecosystems, Ecological Indicators 156: 111171. 細胞外（…

Abele C, Perez A, Höglund A, Pierozan P, Breitholtz M, Karlsson O, 2024, Automated Image-Based Fluorescence Screening of Mitochondrial Membrane Potential in Daphnia magna: An Advanced Ecotoxicological Testing Tool, Environ Sci Technol, in…

魚類胚を用いた急性毒性試験（Fish Embryo Acute Toxicity Test; FET試験）の話。代替試験法を従来の試験法に近づける話という意味では、この記事の話などに近いです。 Reichstein IS, Becker AH, Johann S, Braunbeck T, Schiwy S, Hollert H, Schiwy A, 20…

野外での連続の網羅的遺伝子発現解析。植物だと破壊的なサンプリングってあまり影響がなさそうだから（とはいえ下の論文は同じ植物からの繰り返しサンプリングはしてないようですが）、連続で発現解析をするのもOKなのかも。 研究の具体的な内容はさておき、…

詳細は理解していませんが、驚いたことをメモ。 ラマン分光法って遺伝子発現とリンクさせられるほど解像度が高いとは。蛍光分析とは異なり、特別な前処理を要せず（？）そのままの細胞を対象に出来るのは素晴らしい。 Kobayashi-Kirschvink KJ, Nakaoka H, O…

マイクロプラスチック（MP）の話。MPの影響を調べた論文はもうすでにめちゃくちゃ多いですが、実はMPの曝露濃度を実際に測っている研究は多くないそうです。もっとも、蛍光ビーズを用いた場合は実測している場合も多いでしょうが、ファイバーやフラグメント…

ギンザケ死亡症候群の原因物質であると2020年の年末に報告された6PPD quinone（6PPD-キノン; 6PPD-Q）の話（→2020年のScience）。6PPD-Qに関する全ての論文を詳細に読むことは既に辞めてますが、いくつか面白かったものをここにピックアップしておきます。 …

Palomares IMR, Bone AJ, 2024, Predictive value of the ToxCast/Tox21 high throughput toxicity screening data for approximating in vivo ecotoxicity endpoints and ecotoxicological risk in eco-surveillance applications, Sci Total Environ 16978…

化学物質の生物影響を調べる室内実験は、その多くが濃度応答反応を見ていて、時間と応答の関係を見ている研究は比較的少ないです。ここでは化学物質に曝露して、遺伝子発現応答の時間変化を追った研究について。 Schüttler A, Altenburger R, Ammar M, Bader…

Schaupp CM, Maloney EM, Mattingly KZ, Olker JH, Villeneuve DL, 2023, Comparison of in silico, in vitro, and in vivo toxicity benchmarks suggests a role for ToxCast data in ecological hazard assessment, Toxicological Sciences 195(2): 145-15…

尿に含まれるRNAの話を以前書きました。 水生生物の環境RNAという観点では、尿の他に皮膚と糞も重要なソースだろうと思い、今度は皮膚と糞のmRNAをシーケンスする話。これらはヒトの研究です。どちらもAmpliSeqという、PCRでターゲット遺伝子を増幅してから…

この記事の続き。 生物種によってミトコンドリアのswelling assayの応答が異なるという論文がありましたが、同じように種によって単離したミトコンドリアの応答が異なる話。 Ricchelli F, Dabbeni-Sala F, Petronilli V, Bernardi P, Hopkins B, Bova S, 200…

Zhao B, van Bodegom PM, & Trimbos KB, 2023, Environmental DNA methylation of Lymnaea stagnalis varies with age and is hypermethylated compared to tissue DNA. Molecular Ecology Resources, 23(1): 81-91. 環境DNAでメチル化を見た初の論文。異な…

Parsley M, Goldberg C, 2023, Environmental RNA can distinguish life stages in amphibian populations, Mol. Ecol. Resources, in press. これまでの環境RNAの論文は、リボソームRNAやミトコンドリアRNAなど、条件や生活段階で変化しないような遺伝子を…

ギンザケ死亡症候群の原因物質であると2020年の年末に報告された6PPD quinone（6PPD-キノン; 6PPD-Q）の話（→2020年のScience）。当時はCAS番号が割り振られていないなど、全くの新規物質でしたが環境中での検出例や動態、毒性に関する報告が色々と出てきま…

尿のにおいから、線虫にがんを診断してもらう検査があります。 その臨床における有効性はよく知りませんが、尿にいろいろな成分が含まれることは確かで、尿には数十～数百nmサイズのexosomeがあり、そこにmiRNAやmRNAが含まれているという研究は数多くあるよ…

Oxford Nanopore Technology社のシーケンサー。ナノサイズのポアにDNA・RNAを通して、その際の電流の変化から塩基配列を読み取ります。 ポアを通している途中で興味のある配列（群）でなければ、そのDNA・RNAを吐き出して、無駄な配列を読まないようにする「…

ミトコンドリアの機能の研究方法についてお勉強。酸素消費速度（OCR）とか膜電位とか。 その中でMitochondrial swelling assayというのがあり、少しメモ。Swellingとは膨潤と訳されることが多く、例えばミトコンドリアの膜透過性遷移孔（mPTP）が開く際など…

3歳半になった娘と暮らしていると、クレヨンしんちゃん（原作。アニメはほとんど知らない。）は、育児マンガだったんだなと良く思います。昔読んだクレしんの場面が頻繁に脳内再生されます。 生態毒性な分野でのRNA-Seq解析の使われ方について。何か特定の物…

Xiong B, Yang Y, Fineis FR, & Wang JP, 2019, DegNorm: normalization of generalized transcript degradation improves accuracy in RNA-seq analysis, Genome Biol 20(1): 1-18. RNAの分解度の指標であるRIN（RNA Integrity Number）。RINはrRNAをベース…