Xiong B, Yang Y, Fineis FR, & Wang JP, 2019, DegNorm: normalization of generalized transcript degradation improves accuracy in RNA-seq analysis, Genome Biol 20(1): 1-18. RNAの分解度の指標であるRIN（RNA Integrity Number）。RINはrRNAをベース…

Belanger SE, Lillicrap AD, Moe SJ, Wolf R, Connors K, Embry MR, 2022, Weight of evidence tools in the prediction of acute fish toxicity. Integr Environ Assess Manag, in press. P&GのScott Belangerらによるレビュー。動物愛護・動物福祉の観点か…

Zhang Y, Yin J, Qv Z., Chen H, Li H, Zhang Y, Zhu L, 2022, Deriving freshwater sediment quality guidelines of polycyclic aromatic hydrocarbons using method of species sensitivity distribution and application for risk assessment, Water Res …

Schaupp CM, LaLone CA, Blackwell BR, Ankley GT, Villeneuve DL, 2022, Leveraging ToxCast data and protein sequence conservation to complement aquatic life criteria derivation, Integr Environ Assess Manag, accepted. USEPAからの論文。SeqAPASS…

Coleman AL, Edmands S, 2022, Data and Diversity in the Development of Acute Water Quality Criteria in the United States, Environ Toxicol Chem 41(5): 1333-1343. 自然界の生物種の多様性に比べると、ごくわずかな生物種の毒性データに基づいて設定…

Fuchylo U, Alharbi HA, Alcaraz AJ, Jones PD, Giesy JP, Hecker M, Brinkmann M (2022). Inflammation of gill epithelia in fish causes increased permeation of petrogenic polar organic chemicals via disruption of tight junctions, Environmental …

Wilkinson JL, Boxall AB, Kolpin DW, Leung KM, Lai RW, Galbán-Malagón C, ... Teta C, 2022, Pharmaceutical pollution of the world’s rivers, Proc National Acad Sci 119(8). PNAS。世界規模で医薬品・生活関連物質（PPCPs）の測定を行った論文。読み…

いつも地味に気になっているがすぐ忘れてしまうCYP代謝のメモ。 Ikenaka Y, Eun H, Ishizaka M, Miyabara Y, 2006, Metabolism of pyrene by aquatic crustacean, Daphnia magna, Aquatic Toxicol 80(2): 158-165. ミジンコにおける、PAHの1種ピレンの代謝産…

ギンザケ死亡症候群の原因物質であると昨年末報告された6PPD quinone（6PPD-キノン; 6PPD-Q）の話（→昨年末のScience）。2021年の半ばまではまだ標準品がなかったので速報的なものが多かったですが（→2021年に出た論文のまとめ）、Scienceの論文発表から丸1…

サケが川に遡上してきて産卵前に死亡する現象（Prespawn mortality）。ギンザケを対象にしたScience論文のグループの研究（NOAA、ワシントン州立大学、ワシントン大学タコマ校など）ばかり追ってましたが、この現象は他のグループからも色々報告されてました…

2020年の末にワシントンのグループによって、降雨時のギンザケ死亡の原因物質であることが報告された6PPD-キノンの続報（参考：ギンザケの死亡を引き起こすタイヤ由来の化学物質）。 Tian Z, Gonzalez M, Rideout CA, Zhao HN, Hu X, Wetzel J, ... Kolodzie…

2歳半近くになりイヤイヤ期を脱した娘。この1年間くらい、だいたい同じ年齢の甥っ子や姪っ子（つまり娘にとってはいとこ）と会うたびに、おもちゃを取り合って衝突していましたが、ようやくそれが収まる兆しを見せてきたかも。帰省の間、数回に1回、自ら引く…

論文書きのための論文読みばかり続くと、テンション下がってきますよね。漫然と読みたい時もある。てことで面白そうだったマイクロプラスチック論文。今のところマイクロプラには（ほぼ）自らの研究でかかわってませんが、来年度はいくつか関わりそうな感じ……

Tanimoto H et al., 2005, Significant latitudinal gradient in the surface ozone spring maximum over East Asia, Geophys Res Letters 32(21): 1-5. 忘れそうなのでメモ。 地表のオゾン濃度には季節的な周期性があって、日本含む東アジアでは春に高くな…

Wagner S, Klöckner P, Reemtsma T, 2021, Aging of tire and road wear particles in terrestrial and freshwater environments–A review on processes, testing, analysis and impact. Chemosphere: 132467. タイヤ由来の微量物質やマイクロプラスチックな…

雨が降ると河川や湖沼に流れ出る道路塵埃（路面粉塵）。道路塵埃中には多くの有害物質が含まれるので、降雨時の水域で水生生物への悪影響が検出されることが、しばしばあります。 雨が降るまで道路塵埃が路面上で放置される時間（先行晴天時間; antecedent d…

Knapen D, 2021, Adverse outcome pathways and the paradox of complex simplicity, Environ Toxicol Chem. in press. 短い意見論文。ET&CのPoints of Referenceという枠。 AOP NetworkのKnapen氏が書いてたので、読んでみました。 AOP（Adverse Outcome Pa…

ギンザケ死亡症候群の原因物質であると昨年末報告された6PPD quinone（6PPD-キノン）の話（→昨年末のScience）。今年になって環境分析の結果がいくつか出てきたので、まとめ。 Huang W, Shi Y, Huang J, Deng C, Tang S, Liu X, Chen D, 2021, Occurrence of…

日本でもスコールみたいな雨が頻発するようになって久しいですが、増水や洪水による（化学物質の移動を介した）生態影響の話。 Crawford SE, Brinkmann M, Ouellet JD, Lehmkuhl F, Reicherter K, Schwarzbauer J, ... Hollert H, 2021, Remobilization of p…

水/オクタノール分配係数（KOW）でざっくりと生物蓄積性を推定できる中性物質と比べて、生物蓄積・毒性の予測が困難なイオン性有機物質の話。 Escher BI, Abagyan R, Embry M, Klüver N, Redman AD, Zarfl C, Parkerton TF, 2020, Recommendations for impro…

魚類を用いた底質の毒性試験。 魚は水中（水柱）にいるのに底質の汚染評価に使えるのかとか、bioavailabilityの問題がどう解釈されているのか知りたくてざっと読んでみました。 Saiki P., Mello-Andrade F, Gomes T, Rocha TL, 2021, Sediment toxicity asse…

Kumar N, Zhao HN, Awoyemi O, Kolodziej EP, Crago J, 2021, Toxicity Testing of Effluent-Dominated Stream Using Predictive Molecular-Level Toxicity Signatures Based on High-Resolution Mass Spectrometry: A Case Study of the Lubbock Canyon Lak…

昨年末に出たScience論文の関連（→その時の自分のメモ）。 Blair SI, Barlow CH, McIntyre JK. 2021. Acute cerebrovascular effects in juvenile coho salmon exposed to roadway runoff. Canadian J Fish Aquat Sci 78(2): 103-109. 血液脳関門（BBB; Bloo…

Harkey GA, Driscoll SK, Landrum PF, 1997, Effect of feeding in 30‐day bioaccumulation assays using Hyalella azteca in fluoranthene‐dosed sediment. Environ Toxicol Chem 16(4), 762-769. このグループの論文、いっぱいあってどれに何が書いてあっ…

Lin H, Xia X, Jiang X, Bi S, Wang H, Zhai Y, Wen W, Guo X, 2018, Bioavailability of pyrene associated with different types of protein compounds: Direct evidence for its uptake by Daphnia magna. Environ Sci Technol 52(17): 9851-9860. 面白い…

Jager T, 2004, Modeling ingestion as an exposure route for organic chemicals in earthworms (Oligochaeta), Ecotoxicol Environ Safety 57(1): 30-38. General Unified Threshold model of Survival (GUTS) のJagerさんの論文。この論文以外にも昔はミ…

某オンラインセミナーで紹介されていた論文たち。 河川や海、陸域における生物種の在、不在や生物量を推測するための環境DNA（eDNA）。環境DNAは、既に死んでいる生物からも検出されるため、本当はその対象地域に生息していない魚種なのに漁港や家庭排水のた…

悔しい気持ちはあるけど、それ以上に妄想が広がって楽しい。ただ悔しい気持ちが少ないのは、今はもうこの界隈から手を引きかけていたからかも。 Tian Z, Zhao H, Peter KT, Gonzalez M, Wetzel J, Wu C, ... McIntyre JK, Kolodziej EP, 2020, A ubiquitous …

土壌汚染の生態リスク評価について。 底質のリスク評価では、間隙水と底質と生物の3相で化学物質の平衡状態を仮定する平衡分配理論（Equilibrium Partitioning Theory; EqP）を割と良い感じで使えて、非イオン性の有機物については、間隙水のフリー溶存態で…

TK-TD（Toxicokinetics-Toxicodynamics）モデルのGUTS（General Unified Threshold model of Survival）のRパッケージについて。なぜか2つもあってややこしいので、メモ。 GUTSは、Tjalling Jagerさんらが2011年に発表したTK-TDモデルの一つで、Critical Bod…