Nanopore現場の会、行けなかった。
楽しそうだったので残念です。
MinIONとMiSeq・HiSeqで読んだリードをいろんなアセンブラにかけようと試しているところ。
Canuを試してみたけどMinIONのカバレージが低いので、Canuのようなロングリードベースのアセンブラではなくてショートリードベースのアセンブラの方が良さそう。
そこでUbuntuでMaSuRCAを試してます。
https://github.com/alekseyzimin/masurca
GitHubからダウンロードして、./install.shでインストール。しかし下記のエラーが出てインストールできません。
swig/perl5/swig_wrap.cpp:322:10: fatal error: string.h: No such file or directory
#include <string.h>compilation terminated.
Makefile: 1622: recipe for target 'swig/perl5/swig_perl5_jellyfish_la-swig_wrap.lo' failed
(中略)
src/merge_mate_pairs.cc:4:10: fatal error: jellyfish/stream_manager.hpp: そのようなファイルやディレクトリはありません
#include <jellyfish/stream_manager.hpp>compilation terminated.
GitHubのIssueに似たような報告がありました（↓）。そこではstring.shのエラーだけですが。で、MaSuRCAの作者によるとperlとswigをupdateすればOKとのこと。
https://github.com/alekseyzimin/masurca/issues/10
しかし解決しなかったので、biocondaからインストールしました。MaSuRCAのバージョンは3.3.1。
https://anaconda.org/bioconda/masurca
conda install -c bioconda masurca
conda install -c bioconda/label/cf201901 masurca
ついでにFlyeもbiocondaでインストール。Flyeはバージョン2.5。
conda install -c bioconda flye
conda install -c bioconda/label/cf201901 flye
