cDNA-AFLPにトライ中。
全くバンド・ピークが見られなかった。逆転写までは上手くいっているので（アガロースゲル泳動で確認）、何が問題なんだろう、と実験手順を見直しました。
本来はMseIを制限酵素に使う実験で、MseIのアイソシゾマー（同じ認識配列を持つ異なる制限酵素）のRsp RS II（タカラバイオ）を用いていました。深く考えずMseIだと同じように扱っていたら、最適温度が全然違う。MseIは多くの制限酵素と同じく37°Cですが、Rsp RS IIはなんと60°Cでした（タカラバイオの製品情報より）。
これから、60°Cでdigestionをリトライしてみよう。
