cDNA-AFLPにトライ中。
全くバンド・ピークが見られなかった。逆転写までは上手くいっているので(アガロースゲル泳動で確認)、何が問題なんだろう、と実験手順を見直しました。
本来はMseIを制限酵素に使う実験で、MseIのアイソシゾマー(同じ認識配列を持つ異なる制限酵素)のRsp RS II(タカラバイオ)を用いていました。深く考えずMseIだと同じように扱っていたら、最適温度が全然違う。MseIは多くの制限酵素と同じく37°Cですが、Rsp RS IIはなんと60°Cでした(タカラバイオの製品情報より)。
これから、60°Cでdigestionをリトライしてみよう。