備忘録 a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

MaSuRCAのインストールエラー

Nanopore現場の会、行けなかった。

楽しそうだったので残念です。

 

 

MinIONとMiSeq・HiSeqで読んだリードをいろんなアセンブラにかけようと試しているところ。

Canuを試してみたけどMinIONのカバレージが低いので、Canuのようなロングリードベースのアセンブラではなくてショートリードベースのアセンブラの方が良さそう。

そこでUbuntuでMaSuRCAを試してます。

 

https://github.com/alekseyzimin/masurca

GitHubからダウンロードして、./install.shでインストール。しかし下記のエラーが出てインストールできません。

swig/perl5/swig_wrap.cpp:322:10: fatal error: string.h: No such file or directory
#include <string.h>

compilation terminated.

Makefile: 1622: recipe for target 'swig/perl5/swig_perl5_jellyfish_la-swig_wrap.lo' failed

(中略)

src/merge_mate_pairs.cc:4:10: fatal error: jellyfish/stream_manager.hpp: そのようなファイルやディレクトリはありません
#include <jellyfish/stream_manager.hpp>

compilation terminated.

GitHubのIssueに似たような報告がありました(↓)。そこではstring.shのエラーだけですが。で、MaSuRCAの作者によるとperlswigをupdateすればOKとのこと。

https://github.com/alekseyzimin/masurca/issues/10

 

 

しかし解決しなかったので、biocondaからインストールしました。MaSuRCAのバージョンは3.3.1。

https://anaconda.org/bioconda/masurca

conda install -c bioconda masurca
conda install -c bioconda/label/cf201901 masurca

 

ついでにFlyeもbiocondaでインストール。Flyeはバージョン2.5。

conda install -c bioconda flye
conda install -c bioconda/label/cf201901 flye