最近読んだ論文のメモ： 東京湾底質の汚染・二枚貝のマーカー遺伝子

「東京湾底質の微量物質汚染のターゲット・スクリーニング分析」

Pan S., Kadokami K., Li X., Duong H.T. and Horiguchi T., 2014, Target and screening analysis of 940 micro-pollutants in sediments in Tokyo Bay, Japan, Chemosphere, 99, 109-116.

 参考データとして使えそうな論文。Supplementary materials の情報がいかつい。

「東京湾沿岸域の底質とベントス分布」

岡田, 古川, 2005, 東京湾沿岸域における音響装置を用いた詳細な底質分布図の作成とベントス生息状況, 海岸工学論文集, 52, 1431-1435. 

 音波のエコーを用いて底質の調査をおこなう論文。自分の興味はそこじゃなくて、ベントスの調査結果。東京湾内湾（Inner Bay）と、横浜・川崎周辺が対象。

「二枚貝のトランスクリプトームで一般的に検出される遺伝子」

Miao J., Chi L., Pan L. and Song Y., 2015, Generally detected genes in comparative transcriptomics in bivalves: Toward the identification of molecular markers of cellular stress response, Environ. Toxicol. Pharmacol, 39, 475-431.

毒性物質や病原体への曝露ストレスに対して発現する二枚貝の遺伝子を、過去の49論文から選出したメタ解析論文。49論文のうち、21論文が毒性物質曝露で、16論文が病原体、残り16論文はその他（？）。論文に登場した貝は全15種。

多くの文献で頻出だった遺伝子は「チューブリン」「アクチン」「チトクローム c オキシダーゼ」「Hsp70」など。個人的に注目すべきは、発現変動した機能（function）単位でみると、毒性試験・病原体・その他の研究対象で大きな違いはないということ。例えば毒性試験でもその他の試験でも、発現変動した遺伝子は「cytoplasm」と「protein binding」に含まれているものが多いです。