「底質毒性と進化毒性学のモデル生物：Hyalella aztecaのトキシコゲノム」
Poynton HC, Hasenbein S, Benoit JB, Sepulveda MS, Poelchau MF, Hughes DST, Murali SC, Chen S, Glastad KM, Goodisman MAD, Werren J, Vineis JH, Bowen JL, Friedrich M, Jones J, Robertson HM, Feyereisen R, Mechler-Hickson A, Mathers N, Lee CE, Colbourne JK, Biales A, Johnston JS, Wellborn GA, Rosendale AJ, Cridge AG, Munoz-Torres MC, Bain PA, Manny AR, Major KM, Lambert F, Vulpe CD, Tuck P, Blalock B, Lin YY, Smith ME, Ochoa-Acuña H, Chen MM, Childers CP, Qu J, Dugan S, Lee SL, Chao H, Dinh H, Han Y, Doddapaneni HV, Worley KC, Muzny DM, Gibbs RA, Richards S, 2018, The Toxicogenome of Hyalella azteca: a model for sediment ecotoxicology and evolutionary toxicology, Environ Sci Technol.
ヨコエビHyalella aztecaのドラフトゲノム。Redundansでアセンブリされたゲノムデータ（Hazt_2.0）やその情報はNCBIのページにあります。全長550.9Mbpで、偽遺伝子含めた遺伝子数は20,022個。
ドラフトゲノムを作ったことでアノテーションできる遺伝子数が増えたよ、という話。ゲノムアセンブリ前は、有害物質曝露によって発現変動する遺伝子（DEGs）のアノテーション率は低く、Cdの場合は13%、Znは29%、PCB126は0%、Cyfluthrinは20%でした。リファレンスゲノムができた効果で10~30%アノテーション率が増加したそうです。それでも50%以下で、結構厳しい。Daphnia pulexのゲノム論文（2011, Science）は確か環境変化に対するDEGsはアノテーションされにくい、系統lineageに特異的な遺伝子が多い、という話でしたが、それとも一致している傾向？
