備忘録 a record of inner life

やったことや考えたこと・本・論文・音楽の備忘録。 特に環境科学・生態毒性に関して。

生態系

Rを用いた絶滅確率のモンテカルロシミュレーション:その2

Rで遊ぶのがすっかり楽しくなってきました。 その1に続いて、ファットヘッドミノーの生命表を使います(Miller and Ankley, 2004)。今度は初期個体数による絶滅確率の違いを検討してみます。その1ではw(9,2,0)の初期個体数11匹で計算していましたが、その…

個体群行列データベースComadre & Compadre

個体群行列のデータベースなるものが公開されているみたいです。 https://compadredb.files.wordpress.com/2014/10/compadreposter-japanese.pdf さっそくのぞいてみましたが、動物用のデータベースComadreはまだ建設中のようです。 植物用のCompadreを見て…

Rを用いた個体群増加率の感度解析

行列モデルを用いた個体群レベルの生態毒性評価について(参考:こちら)。 個体群の増加率(population growth rate)に対する各生活史変量aij(vital rates)の感度(sensitivity)は下の式で求められます。 ここでw,vはそれぞれ射影行列の右側固有ベクト…

Rを用いた絶滅確率のモンテカルロシミュレーション

メモ。統計ソフトRを使って、個体群の絶滅確率を計算する関数を考え中。 n回繰り返しを行って、そのうち絶滅した回数を数えればよい。 f <- function (n) { count <- 0 for (i in 1:n) { # 1~nの値をとりながら{}内を繰り返す if (絶滅する条件) count <- co…

論文「個体群レベルでの生態毒性評価に関する日本語の総説まとめ」

個体群レベルでの生態毒性評価に関する日本語の総説。 田中嘉成, 中西準子, 1998, 慢性毒性の生命表評価法と生態リスク分析, 水環境学会誌, 21 (9), 589-595. 田中嘉成, 中西準子, 1998, 生態学モデルの生態リスク分析への適用 外挿法と生活史感度解析の効用…

論文「堆肥添加によって土壌中の抗生物質耐性菌が増加した」

Natureのニュース記事で紹介されていたPNASの論文。Natureダイジェストのページに邦訳有(→こちら)。 Udikovic-Kolic N., Wichmann F., Broderick N. A. and Handelsman J., 2014, Bloom of resident antibiotic-resistant bacteria in soil following manu…

論文「混合物質の予測的環境リスク評価:概念的フレームワーク」

論文の前半部分、「ENVIRONMENTALLY REALISTIC MIXTURES」までしか読んでいませんが、つまり論文のオリジナルな部分には触れてませんが、覚書として。 Backhaus T. and Faust M., 2012, Predictive environmental risk assessment of chemical mixtures: a c…

本「アリの巣をめぐる冒険」

Amazonで評判が良かったので、購入。タイトルからアリの生態学に関する本だと思ってたら、「アリと共生する昆虫(好蟻性昆虫)の分類学」に関する本でした。 丸山宗利, 2012, アリの巣をめぐる冒険-未踏の調査地は足下に-, 東海大学出版会 分類学のことは良…

論文「地震によって地下水生態系の多様性が失われる!?」

要約ぐらいしか読んでないですが、こんな研究もあるんだーというメモ。 Earthquakes trigger the loss of groundwater biodiversity : Scientific Reports : Nature Publishing Group Earthquakes trigger the loss of groundwater biodiversity : Scientifi…