「Daphnia stressor database: 10年来のDaphniaのomicsデータを遺伝子アノテーションにフル活用」
Ravindran SP, Lueneburg J, Gottschlich L, Tams V, Cordellier M, 2018, Daphnia stressor database: Taking advantage of a decade of Daphnia'-omics' data for gene annotation, bioRxiv, 444190.
環境科学の分野でもアーカイブで発表される論文を見るようになってきました。環境ストレスに対するDaphniaの遺伝子発現を調べた90本の論文をまとめて、データベースを作ったという報告。DaphniaのゲノムデータべースとしてはwFLEABASEがすでにありますが、wFLEABASEでは環境ストレスと遺伝子の関係は分かりません。この論文で報告されているデータベースDaphnia stressor databaseは、Comparative Toxicogenomics Database (CTD) のミジンコ版みたいなもので、遺伝子名を検索すると関連あるストレス（というかほぼ化学物質）が出てきます。
せっかくなので、CTDみたいにcsvファイルとかで元データを整理したうえで全部公開して欲しい。そうすれば、この論文でやっているような、D. pulexとD. magnaの発現データのD. galeataゲノムへのマッピングとかができるのに。現状だと検索しかできないっぽいので。
